Umbes A. thaliana genoomi

Source: http://atensembl.arabidopsis.info/Arabidopsis_thaliana_TAIR/index.html

Assamblee ja Annotation

Andmed sellel saidil on otsese impordi Tair Arabidopsis thalianagenoomi annotatsiooni andmebaasi versiooni 8. Täiendavaid genebuild viidi läbi, kuid mitmeid suundi olid teinud pakkuda Affymetrix geeni sondid, UniProt tabamust, ja muud sarnased andmed. MIPS genoomi annotatsiooni release 11_02_04 on üksteise peale Tair jada muutes MIPS genoomi koordinaadid Tair koordinaadid. See saavutati kaardistamine MIPS contigs et Tair contigs kasutades erinevaid võrdlev tööriistu. Meie hinnangul, et 98% MIPS genoomi koordinaadid on edukalt ümber Tair koordinaadid. Sest umbes 2% juhtudel, kui see tulemus ei olnud võimalik muundamata koopia MIPS geen, mis kuvatakse kui "vari geenid", on olnud ligikaudu asub Tair genoomi viies selle lähima tuntud kooskõlastama.

Koordineerib kõigi lisab peale SALKs esitasid Sean Walsh at John Innes Keskuse (ATIDB ). Salk koordinaadid saadi SIGNAL andmebaasi at Salk instituut.

Brassica ESTS - Väljendatakse Brassica järjestused avaliku ja varaliste allikaid kasutatakse kaardistamisel BLAST tuvastada kandidaat homoloogilised geenid on Arabidopsis genoomi (Love et al., 2005).

Brassica rapa - Nagu esimene etapp rahvusvahelistele Brassica genoomi sekveneerimise projekti (www.Brassica.info) , lõpp järjestused on seda saadud 110 000 B. rapa genoomse DNA fragmente säilitatakse Bakteriaalne Kunstlik kromosoomid (BACS). Need genoomijärjestuste on kaardistatud koridori kandidaat syntenic piirkondades Arabidopsis genoomi põhjal siduda end järjestused jagamine identiteedi Arabidopsis jada jooksul 500000 bp ja täiendav suund üksteisele. Astunud BAC jada võib eeldada, et jagada suur synteny (Love et al., 2005).

Brassica oleracea - In koostöö Cold Spring Harbor ja TIGR 0,5 katvust kogu genoomi pumppüss järjestused on toodetud B. oleracea. Need järjestused on kaardistatud peale Arabidopsis genoomi nende kõige olulisem BLAST sobi.

Love CG, Robinson AJ, Lim GA, Hopkins CJ, Batley J, Barker G, Spangenberg GC, Edwards D. (2005). Brassica ASTRA: integreeritud andmebaas Brassica genoomi uuringud. Nukleiinhapped Research 33: D656-9.