Back to site
Since 2004, our University project has become the Internet's most widespread web hosting directory. Here we like to talk a lot about web servers, web development, networking and security services. It is, after all, our expertise. To make things better we've launched this science section with the free access to educational resources and important scientific material translated to different languages.

Bio-Linux 6.0 Uputstvo za upotrebu

    Napomena : Ovo uputstvo za upotrebu je u procesu ažuriranja čije će promene biti uticati na Bio-Linux 7. Osnovne informacije su i dalje tačne, ali je nekoliko stavki, posebno u pogledu lokacije stavki menija zastarelo .

  1. Korisnički nalozi

    • Nalozi administratora

      Korisniku kojeg kreirate prilikom instaliranja sistema automatski će biti dodeljene administrativne, tj. sudo, privilegije. To znači da ovaj korisnik može izvršavati komande sa privilegijama korenskog administratora ako za svaku komandu koristi prefiks "sudo". Da biste drugima dodelili sudo privilegije (privilegije administratora) za ceo sistem, odaberite opciju Users and Groups iz administrativnog menija i promenite vrstu naloga za tog korisnika u Administrator. Za istančaniju kontrolu, uključujući ograničenje pristupa određenoj grupi komandi, moraćete da uredite datoteku “sudoers”.

      Kad je reč o administratorima, treba imati u vidu da je njihovo dodavanje ssh grupi podrazumevana vrednost. To znači da se mogu ulogovati na sistem sa drugih mašina ako koriste ssh ili NX.

      NEBC Admin User nalog nosi naziv nebc. To je nalog koji koriste zaposleni u NEBC-u (isključivo uz vašu dozvolu) da bi se ulogovali u vaš sistem sa daljine, u slučaju opasnosti. Ako želite, možete obrisati ovaj nalog (i ako nećete tražiti podršku za Bio-Linux sistem od NEBC-a).

    • Kreiranje novih naloga

      Da biste kreirali novi nalog, prvo ćete morati da se prijavite na nalog sa root (sudo) privilegijama. Preporučujemo vam da koristite grafički alat za upravljanje korisnicima i grupama. Da biste pokrenuli taj alat, idite na sistemski meni na vrhu trake sa zadacima i izaberite: System --> Administration --> Users and Groups.

      Svaki korisnik ima niz privilegija koje dobija zato što je član određenih grupa. Novi korisnik, kreiran uz pomoć GUI-ja, biće konstruisan kao Desktop korisnik. Možete istražiti privilegije podrazumevanog korisnika kroz grafički alat tako što ćete kliknuti na korisničko ime Desktop korisnika na levom panelu, a zatim kliknuti na opciju Advanced Settings na dnu desnog panela. Izaberite opciju User Privileges. Ovde možete pregledati ili promeniti postavke.

      Standardno ponašanje pomenutog grafičkog alata kreira potpuno funkcionalne korisničke naloge na Bio-Linux-u. Da biste kreirali funkcionalnog desktop korisnika uz pomoć komandne linije, moraćete da pokrenete nešto poput ovoga:

      sudo /usr/sbin/useradd -m -g users -G audio,cdrom,floppy -s /bin/zsh user1

      zajedno sa celim željenim asortimanom grupa za određenog korisnika, koji je naveden na listi posle -G opcije.

      Imajte u vidu da se Desktop korisnici ne dodaju ssh grupi po standardu. Ako želite da podrazumevanim korisnicima omogućite prijavljivanje u svoj Bio-Linux sistem sa druge mašine, uz pomoć ssh-a ili NX-a, onda ih morate dodati ssh grupi. Administratori su standardno uključeni u ovu grupu.

      Za više informacija, pogledajte Ubuntu dokumentaciju o upravljanju korisnicima.

    • Dodavanje korisnika grupama

      Ima mnogo slučajeva kad biste mogli poželeti da grupama dodate korisnike. Na primer, možda određenim ljudima treba potpun pristup za ARB pt_server, što na Bio-Linuxu znači da moraju biti članovi arb grupe. Možda grupa ljudi hoće da radi na podešavanju deljenih datoteka - omogućićete pristup tim datotekama tako što ćete kreirati grupu i dodati korisnike iz te grupe.

      Korisnike dodajete grupama uz pomoć grafičkog alata za upravljanje korisnicima: idite na sistemski meni na vrhu trake sa zadacima i izaberite sledeće opcije: System --> Administration --> Users and Groups. Kliknite na taster Manage Groups, a zatim izaberite grupu kojoj želite da dodate korisnike. Kliknite na taster Properties i štiklirajte korisnike koje želite da dodate grupi.

      Korisnike možete dodati grupi i uz pomoć komande usermod. Na primer, da biste dodali korisnike arb grupi i time im omogućili da u potpunosti iskoriste ARB softver, možete da unesete:

      sudo usermod -aG arb <username>

    • Podržane školjke

      Z Shell je standardna podržana školjka za Bio-Linux. To znači da ćete možda morati sami da uradite prilagođavanje, npr. da podesite promenljive okruženja, ako se opredelite da koristite drugu školjku, kao što je csh. Prilagođavanje, kao što je izmena komande “remove”, rm u rm -i, da bi korisnici potvrdili da zaista žele da obrišu datoteku, radi se kroz /etc/zsh/zshrc datoteku koju kontroliše bio-linux-zsh paket na Bio-Linux sistemima. Ova datoteka, takođe, unosi komande sa /etc/zsh/zshrc.d/customrc.zsh datoteke koju treba da prilagodite da biste dodali podešavanja sistema i promenljive okruženja. Korisnici treba da dodaju svoje lične postavke u to ~/.zshrc.

      BASH školjka je podrazumevana školjka za Ubuntu i raspoloživa je na sistemu, ali savetujemo korisnicima da koriste BASH samo ako baš žele. BASH je podrazumevana root školjka zbog kompatibilnosti sa Ubuntu tehničkom dokumentacijom i sistemskim skriptama - pogledajte dalji tekst.

    • Promena lozinki

      Lozinku za naloge možete promeniti u sistemskom meniju na vrhu trake sa zadacima, tako što ćete izabrati: System --> Administration --> Users and Groups. Zatim odaberite korisnika čiju lozinku želite da promenite u levom panelu i odaberite opciju “Change text” pored opcije “Password” u desnom panelu. Ako pokušavate da promenite tuđu lozinku, moraćete da unesete svoju lozinku da biste potvrdili da imate ovlašćenja administratora. Ako pokušavate da promenite svoju lozinku, odmah će se otvoriti prozor gde to možete da uradite.

      Promena lozinke na komandnoj liniji je brža. Samo otvorite terminal i unesite:

      passwd

      Unesite novu lozinku kad vam sistem zatraži. Detaljnije informacije o sigurnosti lozinke možete naći na stranici: Chris Ihm's page on choosing a secure password.

      Ako ste prijavljeni kao administrator, možete resetovati lozinku za ostale korisnike uz pomoć komande:

      sudo passwd username

      Bio-Linux pitanja i odgovori sadrže savete o tome šta treba da radite ako izgubite svoju lozinku administratora.

    • Root školjka

      Ako ulazite u Bio-Linux sa nekog drugog Unix ili Linux sistema, možda ćete se zapitati šta se desilo sa root nalogom. Root nalog standardno nema lozinku u Ubuntu-u, a to važi i za Bio-Linux. To znači da se ne možete direktvo prijaviti na root, niti iskoristiti tu komandu da biste postali root.

      U svakom slučaju, ako koristite sudo, nije vam potrebna root lozinka. Možete dobiti root školjku uz pomoć komande sudo -i ili sudo bash. Imajte u vidu da je bash podrazumevana root školjka zbog kompatibilnosti.

    • Podrazumevani umask

    Postavka umask-a kontroliše podrazumevane dozvole za datoteke. Podrazumevani umask u Bio-Linuxu je 077 i postavljen je u datotekama /etc/profile i /etc/login.defs. Umask je oktalni broj koji određuje koji bitovi dozvole nikada neće biti postavljeni za nove datoteke i direktorijume. U ovom slučaju, izbor 077 znači da će samo korisnik koji kreira datoteku moći da je čita i piše. Ako uopšte želite da drugi korisnici čitaju vaše datoteke ili ako ste podesili grupe na serveru i hoćete da delite datoteke unutar grupe, možda ćete hteti blaži umask sa umask komandom. Umask postavka nasleđuje se kroz drvo, baš kao i promenljiva okruženja, pa korisnici mogu da unesu liniju u ~/.zshrc da bi podesili prilagođeni umask koji žele. Značajne umask vrednosti su:

    • 077 - samo vlasnik ima pristup

    • 027 - korisnici iz iste grupe mogu da čitaju datoteke, ali ne i da ih pišu

    • 022 - svako može da čita, a samo vlasnik datoteke može da piše

    • 002 - kao u prethodnom slučaju, samo što korisnici iz iste grupe mogu i da pišu

    • 007 - vlasnik ili članovi grupe mogu da pišu i da čitaju datoteke; ostali nemaju pristup

 

  1. Konfiguracija sistema i svakodnevno održavanje

    • Konfiguracijske datoteke u /etc

      Po pravilu, postavkama sistema upravljaju tekstualne datoteke koje se nalaze u /etc folderu. Obično se grafička aplikacija ili aplikacija komandne linije koristi za upravljanje postavkama zapisanim u Debconf paketu konfiguracijskog sistema, ali ponekad je potrebno ili poželjno direktno urediti datoteke. Pogledajte poslednje poglavlje ovog uputstva za više informacija o uređivačima teksta. Ako treba da uredite datoteku sistemske konfiguracije, poziv je:

      sudo nano <filename> # for example: sudo nano /etc/zsh/zshrc.d/customrc.zsh

      Sudo komanda daje vam dozvolu da promenite zaštićenu sistemsku datoteku, a nano je jednostavni urednik tekstualne datoteke.

    • Unos i promena mrežnih postavki

      DHCP
      Ako vaša lokalna mreža koristi DHCP režim, Roming mreže treba da detektuje vašu mrežu bez ikakvih vaših aktivnosti.

      Statičke IP adrese
      Ako imate statičku IP adresu, moraćete da pitate svoje ljude iz IT-a za IP adresu i naziv hosta, domen, kapiju i DNS adrese.

      Da biste konfigurisali svoje mrežne postavke, otvorite System --> Administration --> Network Tools. Da biste izmenili postavke za bilo koji mrežni uređaj, moraćete da radite u nalogu sa sudo privilegijama.

      Da biste podesili žičnu ethernet konekciju, kliknite na opciju Wired Connection, a zatim na taster Add. U prozoru koji će vam se pojaviti možete ignorisati polje u kome se traži da upišete MAC adresu unutar opcije Wired. Kliknite na IPv4 Settings. Iz opadajućeg Method box-a, odaberite opciju Manual. Zatim kliknite na taster Add. Unesite svoju IP adresu, netmask, izlaz, zajedno sa adresama DNS Servera i domenima za pretraživanje (ako želite). Domeni za pretraživanje su podrazumevani domeni u kojima će vaš sistem tražiti domaćina kad nijedan domen nije određen. Ako imate mašinu koja se zove mymachinename.mysite.com i ako unesete mysite.com u domene za pretraživanje, možete se pozvati na mašinu tako što ćete ukucati samo mymachinename, umesto da svaki put pišete pun naziv mymachinename.mysite.com.

      Čim primenite te izmene, trebalo bi da se povežete na internet. Videćete to kad potražite dve bele strelice koje pokazuju na desni gornji ugao trake sa zadacima. Ako niste povezani, verovatno ćete videti malu signalnu ikonu (koja podseća na školjku na kojoj će, najverovatnije, biti crveni uzvičnik) na vrhu trake sa zadacima. Ako kliknete na tu ikonu i odaberete naziv konekcije koju ste upravo kreirali sa liste, trebalo bi da uspostavite vezu.

      Više informacija o podešavanju mreže možete naći na stranicama Ubuntu dokumentacije.

    • Ažuriranje softvera

      Svake noći, vaš sistem će proveriti ažurirane pakete u Bio-Linux spremištu bioinformatičkih softvera, u Ubuntu skladištu za ažuriranje i u Ubuntu sigurnosnom skladištu.

      Paketi kojima je podrebno ažuriranje iz skladišta za Bio-Linux bioinformatičke softvere i iz Ubuntu sigurnosnog skladišta, preuzimaju se i instaliraju automatski. Ponekad neki paketi zahtevaju angažovanje administratora za interaktivnu instalaciju. U tu svrhu možete koristiti alat za upravljanje ažuriranjem, kao i mnoge druge alate raspoložive na sistemu.

      Kad je reč o standardnim Ubuntu paketima -- na sistemu su zabeleženi paketi kojima je potrebno ažuriranje -- njih mora preuzeti i instalirati korisnik sa ovlašćenjima administratora. Opet, za to možete koristiti alat za upravljanje ažuriranjem, kao i mnoge druge alate raspoložive na sistemu.

      Po standardu, sve datoteke paketa preuzete u sistemu čuvaju se u arhivi cache /var/cache/apt/archives nedelju dana pre nego što se obrišu.

      Alat za upravljanje ažuriranjem: Kad se prijavite na desktop sesiju kao administrativni korisnik, videćete uzvičnik na vrhu trake sa zadacima na desnoj strani. Ako je taj uzvičnik u crvenoj strelici, to znači da neke pakete treba ažurirati. Uzvičnik u plavom krugu znači da vam je sistem ažuriran. Možete ažurirati svoj sistem tako što ćete kliknuti na uzvičnik, a zatimna taster Check i nakon toga na taster gde piše Install Updates. Drugi način da pokrenete menadžer ažuriranja je iz sistemskog menija na vrhu trake sa zadacima: System --> Administration --> Update Manager. Za ažuriranje paketa moraćete da se prijavite kao administrativni korisnik; tražiće vam da unesete svoju lozinku i proveriće da li imate odgovarajuće privilegije za instaliranje sistemskog softvera.

      Po standardu, paketi se proveravaju u 4 sata ujutro. Ako vam je u to vreme mašina isključena, ažuriranja paketa se konfiguriše, tako da će se automatski proveriti čim se kompjuter uključi.

      Za više informacija o instaliranju, uklanjanju i ažuriranju softvera, uključujući i promene standardnih Bio-Linux postavki, kao i alternativnih softvera za upravljanje paketima, pogledajte našu stranicu Upravljanje paketima.

      Rad iza proxy-ja

      Ako vaš site koristi HTTP proxy za pristup internetu, moraćete da konfigurišete Apt, sistem za upravljanje paketima, tako da koristi isti proxy. Postoje izveštaji o izvesnim problemima prilikom koišćenja Ubuntu softverskog centra iza proxy-ja, pa ćete možda morati da koristite alate komandne linije ili grafički alat Synaptic za upravljanje paketima ukoliko imate poteškoća sa softverskim centrom.

      Možete podesiti Apt da koristi vaš proxy tako što ćete kreirati datoteku pod nazivom 01proxyconf u direktorijumu /etc/apt/apt.conf.d/ koji sadrži sledeće linije:

      Acquire { http::Proxy "http://<proxyhost>:<port>"; };

      Na primer, ako je vaš web site somewhere.ac.uk, a njegov port 2067, unećete:

      Acquire { http::Proxy "http://somewhere.ac.uk:2067"; };

    • Uloga administratora sistema

      Administrator sistema odgovoran je za bezbednost mašina, instalaciju softvera, kreiranje novih korisničkih naloga i podršku. Administrator sistema takođe je odgovoran za dodeljivanje odgovarajućih privilegija (npr. sudo privilegija) i dozvola isključivo ljudima kojima su povereni određeni zadaci.

      Preporučujemo da vodite evidenciju za svoju mašinu. (Smatramo da je prava evidencija, na papiru, najefikasnija). U knjigu evidencije zapišite svaku promenu koju ste uneli. Beleške treba da budu kompletne i jasne u slučaju da vam zatreba ponovno konfigurisanje mašine (ako vam se pokvari hardver i ako budete morali ponovo da je instalirate). Održavanje detaljne evidencije o svim promenama u sistemu može, na prvi pogled, izgledati nepotrebno i dosadno sve dok nešto ne krene naopako po drugi put. Tada će vam detaljne beleške o rešavanju problema biti od velike koristi i uštedeće vam dosta vremena.

      Treba da proverite da li je sistem pravilno ažuriran tako što ćete proveriti izveštaje o statusu paketa (na primer, uz pomoć alata Synaptic ili tako što ćete pročitati datoteku /var/log/cron-apt/log). Trebalo bi da proverite i bezbednosne log datoteke. Za više informacija o toj temi pogledajte poglavlje koje sledi.

    • Sistemske log datoteke

      Sistemske log datoteke smeštene su u direktorijumu /var/log/ i sadrže zapise o aktivnosti vašeg kompjutera, uključujući kernel verziju, drajvere, aktivnost na mail-u, pristup web serveru, prijave na nalog, pokušaje prijava i još mnogo toga. Iako svim administratorima sistema savetujemo da ručno proveravaju prijavljivanje, postoji program pod nazivom logcheck, na Bio-Linux-u, koji pomaže da se taj zadatak automatizuje. Dokumentacija u vezi s tim može se naći na početnoj stranici uz pomoć komande:

      man logcheck

      Logcheck skenira sve log datoteke izlistane u datoteci /etc/logcheck/logcheck.logfiles, koristi informacije u drugiom datotekama /etc/logcheck i "odlučuje" o čemu će da vas izveštava. U suštini, logcheck vam šalje izveštaj za sve pojave, osim onih koje su obeležene kao nebitne.

      Na Bio-Linux-u 6.0, logcheck se pokreće svakoga dana u 6:02, a izveštaji se šalju mail-om glavnom administratoru (na nalog koji kreirate prilikom instalacije). To znači da administrator sistema čita logcheck izveštaje uz pomoć mail alata kao što je mutt ili Evolution.

      Međutim, verovatno će biti jednostavnije ako šaljete izveštaje na mail koji redovno proveravate. Da biste to uradili, treba da uredite /etc/logcheck/logcheck.conf datoteku i da podesite opciju SENDMAILTO na vašu uobičajenu mail adresu. Možete uključiti nekoliko mail adresa na koje želite da vam stižu izveštaji tako što ćete navesti naloge odvojene zarezima. Da biste poslali mail na adresu van svog Bio-Linux sistema, moraćete da konfigurišete Exim mail program da biste ga obavestili o svom lokalnom SMTP serveru. Pogledajte poglavlje Email na Bio-Linux-u.

    • Praćenje procesa

      Kad kliknete na taster ili ikonicu za pokretanje programa, možda će vam biti potrebno malo vremena da vidite ili da pokrenete neke programe. Neki programi prikazuju ikonicu koja signalizira da se nešto dešava. Ipak, ima i onih programa koji to ne rade. S tim programima padate u iskušenje da kliknete na ikonicu programa nekoliko puta. Obično to dovodi do višestrukih primera pre nego što se program pokrene. Ako se posle nekoliko sekundi ništa ne desi, možete proveriti da li je program pokrenut ili ne.

      Najlakši način da aktivirate alat System Monitor je da prođete kroz meni: System --> Administration --> System Monitor. Lista programa koje pokreće vaš sistem može se naći u okviru opcije Processes. Ako odete na meni View, možete izabrati da li ćete pratiti samo procese kojima upravlja korisnik na čiji ste nalog prijavljeni ili ćete pratiti sve procese.

      Tu je i alat komandne linije koji možete koristiti da pregledate sve poslove koje određeni korisnik obavlja na sistemu:

      ps waux | grep ^user1

      Ps waux, deo te komande, otkriva procese pokrenute na vašem sistemu. Zatim se taj podatak prosleđuje kroz grep komandu koja pretražuje informaciju za određenog korisnika - u ovom primeru, to je user1.

      Da biste otkrili koje programe ste pokrenuli, ukucajte:

      ps wux | grep ^$USER

      Možete zameniti reč $USER vašim korisničkim imenom u gornjoj komandi ili neka školjka to uradi umesto vas; zameniće reč $USER vašim korisničkim imenom.

      Da biste pročitali o drugim raspoloživim opcijama sa ps komandom, ukucajte:

      man ps

      Ako hoćete da izlistate procese da biste videli koje zahteve stavljaju pred vaš sistem, možete koristiti top program. Jednostavno unesite:

      top

      na komandnu liniju. (pritisnite q za odustajanje)

    • Rezervna kopija

      Bio-Linux se može konfigurisati tako da koristi drugi fizički disk za automatsko pravljenje rezervnih kopija uz pomoć skripta. Prvi nalog administratora kreiran na mašini imaće ikonu na radnoj površini koja može pomoći pri podešavanju drugog drajva ili particije za automatske rezervne kopije. Informacije o pravljenju rezervnih kopija podataka možete naći na našoj stranici Backing up and Restoring.

    • Zaštitni zid

      Bio-Linux je podešen tako da ima ufw zaštitni zid. Po standardu, konfigurisan je tako da dozvoljava isključivo ssh konekcije. To se lako može promeniti uz pomoć grafičkog interfejsa za ufw u okviru opcije System --> Administration --> Firewall configuration.

    • Aktiviranje i deaktiviranje servisa

      Servisi su programi koji se pokreću u pozadini mašine. Primeri servisa obuhvataju: sshd, apache2, mysql, ufw i crond. Ovi servisi rade sve vreme dok je mašina uključena, bez obzira na to ko je prijavljen.

      Savetujemo vam da ne isključujete nijedan od servisa koji trenutno rade i preporučujemo vam da se konsultujete sa svojim IT odeljenjem pre nego što uključite bilo koji novi servis. Bio-Linux Live sistem pokreće ograničeni skup servisa u odnosu na instalirani Bio-Linux sistem: na live sistemima, kao što su sshd, apache2, postgresql i mysql, svi su deaktivirani po default-u, dok su na instaliranom sistemu aktivirani.

      Možete da pokrenete, zaustavite ili da ponovo učitate konfiguracijsku datoteku za servise sa komandne linije. Npr:

      Da biste deaktivirali Apache web server sa terminala, unesite:

      sudo /etc/init.d/apache2 stop

      Da biste naveli PostgreSQL da ponovo učita pristup konfiguracijskoj datoteci:

      sudo pg_ctlcluster 8.4 main reload

      Da biste restartovali ssh:

      sudo /etc/init.d/ssh restart

      Novi Ubuntu upstart system sada radi sa nekoliko paketa. Upstart je init demon baziran na događaju koji je zauzeo mesto starijeg init demona, baziranog na zavisnosti. Rezultat toga je da se mnoge skripte koje kontrolišu pokretanje i isključivanje sistema nalaze u /etc/init folderu. Vi ih pozivate kao i druge init skripte iz foldera /etc/init.d. Neke datoteke u /etc/init.d su skripte, a neke su samo softlinkovi za datoteku pod nazivom /lib/init/upstart-job koja pokreće skripta u /etc/init (ako se odgovarajuće skripte nalaze tamo). Iskreno govoreći, za većinu korisnika nije ni bitno da li vam išta u prethodnom pasusu zvuči razumljivo.

  1. Pristup i povezivanje na Bio-Linux

    • Dva načina za daljinsko prijavljivanje

      Ovde se ukratko pominju dva načina da se prijavite na svoj Bio-Linux sistem sa druge mašine. Takođe, obezbeđujemo web stranicu sa detaljima o pristupu Bio-Linux-u, kao i stranicu o različitim načinima za pokretanje Bio-Linux-a.

      NX - Ovo je naš preporučeni metod daljinskog prijavljivanja na Bio-Linux. To vam omogućava da vidite celu radnu površinu kao da sedite pred kompjuterom. Interakcija može biti veoma brza čak i kad je internet veza umerenog kvaliteta. Da biste to uradili, samo treba da instalirate NX klijentski softver na kompjuter s koga želite da se povežete na Bio-Linux. Takav klijentski softver raspoloživ je za Windows, Linux i Macs. Za dalje instrukcije, pogledajte web stranicu Accessing Bio-Linux.

      SSH klijent - Postoje mnogi komadi klijentskog softvera koje možete da koristite na drugim mašinama za povezivanje sa Bio-Linux sistemom uz pomoć ssh-a. Da biste se povezali sa Windows kompjutera, preporučujemo vam da koristite "PuTTY" koji se može preuzeti odavde. Ako želite da koristite Putty zajedno sa Exceed-om, moraćete da aktivirate "X11 forwarding" u PuTTY preferencama. Možete oprobati i otvoreni ssh klijent kroz Cygwin. Ako želite grafičku vezu, savetujemo vam da razmislite o NX-u.

    • Mail

      Preporučeni mail klijent na Bio-Linux-u je Evolution (koji funkcioniše slično kao Microsoft Outlook) i može se podesiti klikom na ikonicu otvorene koverte na desnoj strani gornjeg dela trake sa zadacima i odabirom opcije Set Up Mail... Moraćete da podesite detalje o vašim izlaznim i dolaznim mail serverima i da označite da li se koristi POP3 ili IMAP protokol. Možda ćete morati da razgovarate sa svojom IT podrškom da biste uneli pravilna podešavanja.

      Ako želite da podesite Evolution da čita gore opisane poruke, morate biti prijavljeni kao administrativni korisnik. Zatim:

        1. Pokrenite Evolution;

        2. Idite na Edit --> Preferences;

        3. Kliknite na taster Add;

          Zatim će vas provesti kroz čarobnjak za konfiguraciju mail-a;

        4. Na meniju identiteta:

          • Puno ime: "sistem mail" (ili koje god vam se ime učini odgovarajućim za taj nalog)

          • Mail adresa: someuser@localhost (unesite svoje korisničko ime pre simbola @)

          Ne morate da unesete nikakve druge detalje u ovom meniju;

        5. Po prijemu E-mail menija, treba da unesete sledeće podatke:

          • Tip servera: Standard Unix mbox spool file

          • Putanja: /var/mail/manager

        6. Podesite tip servera na Sending E-Mail meni za Sendmail. To je sve što treba da podesite u Evolution-u.

      Ako želite da pošaljete mail na adresu van Bio-Linux mašine, moraćete ponovo da podesite exim4, podrazumevani agent za prenos poruka (MTA) u Bio-Linux-u 6.0. Konfiguraciju možete promeniti tako što ćete uneti (u terminal):

      sudo dpkg-reconfigure exim4-config

      Ako imate problema sa podešavanjem, možete pogledati korisne stranice sa Ubuntu dokumentacijom.

    • Kopiranje datoteka između kompjutera

      Datoteke raspoložive putem lokalnog ili daljinskog web ili ftp servera mogu se uneti na Bio-Linux sistem uz pomoć brojnih alata. Na primer, možete koristiti web pretraživač ili opciju Connect to Server koja se nalazi na vrhu trake sa zadacima u meniju Places. Možete koristiti svestrano sredstvo wget koje se nalazi na komandnoj liniji. Takođe, postoji i ftp klijent standardne komandne linije za unos datoteka na ftp site. Wget i ftp dobro su opisani na stranicama koje možete pogledati ako unesete:

      >man wget

      man ftp

      Za bezbedno premeštanje datoteka između kompjutera na kojima imate naloge, preporučujemo vam da koristite scp. To je deo ssh paketa. Možete ga koristiti za transfer datoteka između bilo kojih računara na kojima imate ssh pristup. Dakle, ako biste se obično prijavili u kompjuteru sa komandom:

      ssh user2@comp2

      onda možete uneti datoteku sa trenutnog direktorijuma na mašini comp1 na comp2 koristeći:

      scp ./myfile user2@comp2:/home/user2/myfile

      Pitaće vas za user2 lozinku. Zatim će kopirati datoteku u user2 home direktorijum. Za više detalja i primera, pogledajte stranice sa uputstvom.

      Tu je i 'sftp' komanda koja emulira ftp sesiju preko ssh konekcije i moćna komanda 'rsync' koja je korisna za rekurzivno kopiranje celih direktorijuma ili datoteka. Opet, stranice uputstva dobro će vam doći ako vam je potrebno više detalja.

      Ako želite da prenesete datoteke sa svoje Linux mašine (ili na svoju Linux mašinu), sa Windows PC-ja, besplatna aplikacija WinSCP uradiće taj posao za vas. Ako koristite Mac, možete iskoristiti komandnu liniju scp ili alat kao što je Cyberduck.

    • Baze podataka

      Bio-Linux se isporučuje sa ugrađenim Postgres i MySQL bazama podataka. Na instaliranom sistemu, ovi servisi su podrazumevani. (Na Live sistemu nisu.)

      Ako želite da se povežete sa bazom podataka ili sa sistemom na drugom kompjuteru, moraćete da promenite konfiguraciju Bio-Linux zaštitnog zida da bi vam dozvolio konekciju na portu 5432 (za Postgres) ili 3306 (za MySQL). Da biste modifikovali podešavanja za zaštitni zid, koristite opciju Administration --> Firewall u sistemskom meniju.

      Više detalja o konfigurisanju baza podataka možete naći na Bio-Linux stranici u delu o SQL bazama podataka.

  2. Softverske aplikacije

    • Bioinformatički softver

      Bio-Linux dolazi sa sveobuhvatnim bioinformatičkim dokumentacionim sistemom. Obezbeđuje pristup određenim kategorijama informacija o bioinformatičkom softveru na vašem Bio-Linux sistemu, kao i o dodatnim softverima koji se lako mogu instalirati. Na radnoj površini svakog korisnika nalazi se ikonica za Bioinformatičku dokumentaciju na koju možete kliknuti ako želite da otvorite dokumentaciju na web pretraživaču. Osim toga, možete otkucati sledeći URL u web pretraživač na svom Bio-Linux kompjuteru:

      http://localhost/bioinformatics

      Većina programa opisanih na ovim stranicama već je instalirana na vašem sistemu. U odeljku Description naći ćete podatke o tome da li je određeni softver već instaliran i, ako nije, daće vam uputstva o tome kako da ga instalirate.

      Ako želite definitivno da saznate da li je određeni deo softvera instaliran na vašem sistemu, isprobajte komandu:

      which software-name

      Imajte na umu da ćete tako samo naći naziv stvarne komande, a ne pakete softvera. (npr. naći će blastp, ali ne i blast+).

      Instalirane i raspoložive softverske alate možete pretražiti uz pomoć alata za upravljanje paketima sistema.

      Neki bioinformatički softver može se pokrenuti iz opcija menija Applications --> Bioinformatics na radnoj površini. Svi bioinformatički softveri, uključujući softvere sa grafičkim interfejsom, mogu se pokrenuti sa komandne linije. Pogledajte naš Uvod u Bio-Linux tutorijal za primere bioinformatičkih softvera na Bio-Linux-u.

    • Instaliranje novog softvera

      Za jednostavan metod pretrage i instaliranja softvera, preporučujemo vam novi Ubuntu softverski centar. Naći ćete još jedan grafički alat - Synaptic - koji je veoma dobar iako je malo više (ali ne mnogo više) tehnički. Ubuntu softverski centar naći ćete pod menijem Aplikacije na gornjoj traci sa zadacima. Synpatic se može pokrenuti sa menija System --> Administration, kao i sa taskbar-a.

      Vaš Bio-Linux sistem podešen je da traži softver u brojnim skladištima. Kad odete u meni Edit Ubuntu softverskog centra i odaberete opciju Software Sources, videćete koja su to skladišta.

      Molimo vas da pogledate stranicu za upravljanje Bio-Linux paketima za više informacija o podrazumevanim postavkama za ažuriranje Bio-Linux paketa, kao i za dodatne informacije o upravljanju softverima u Bio-Linux-u. Ubuntu pruža online dokumentaciju o dodavanju i uklanjanju paketa uz pomoć grafičkih alata, dok Ubuntu vodič pruža koristan pregled komandne linije koju možete koristiti za instaliranje paketa i njihovo upravljanje u sistemu.

    • Linux alternative za Windows softver

      Pogledajte stranicu Linux Alternative Project.

    • Pokretanje ili zamena Windows programa na Linux-u

      Za mnoge, u Linux-u postoje besplatni programi otvorenog koda koji imaju iste osobine kao programi u Windows-u. Ponekad programi imaju iste nazive, ali češći je slučaj da nemaju. Na stranici Libervis Wiki možete naći spisak Linux i Windows naziva programa.

      Za više informacija o Linux alternativama za Windows programe pogledajte http://www.linux.ie/newusers/alternatives.php

      U Ubuntu softverskom centru dostupan je i softver koji vam omogućava da pokrenete mnoge Windows programe na Linux-u, kao što je PlayOnLinux, čija je osnova Wine.

      Ljudi najčešće žele da pokrenu office softver - uređivače teksta kao što je Word ili tabele, kao što je Excel. Moćni skup programa kakav je OpenOffice na Bio-Linux sistemu predstavlja standard i može se naći u meniju Aplikacije u traci sa zadacima: Applications --> Office. U tom meniju takođe je prikazan Gnumeric Spreadsheet softver.

      Iako OpenOffice ima mnogo funkcija, postoji nekoliko stvari koje ne možete uraditi, a koje su potrebne zahtevnijim korisnicima. Na primer, VBA programiranje. U takvim slučajevima gde u Linux-u nema ekvivalenta, možete razmisliti o sledećim mogućnostima:

      1. Pokrenite softver za emulaciju, kao što je Wine (ili pomenuti PlayOnLinux) koji vam omogućava da radite na Microsoft Windows softveru u emulatoru.

      2. Pokrenite Windows kao virtuelni sistem na vašem Linux sistemu tako što ćete instalirati proizvod poput onoga koji je objavio VMWare ili VirtualBox na Linux-u, a zatim instalirati Windows da radi virtuelno.

      3. Pokrenite Linux kao virtuelni sistem na svom Windows kompjuteru tako što ćete instalirati proizvod, poput onoga koji je objavio VMWare ili VirtualBox na Windows-u i instalirajte Linux da se pokreće virtuelno.

      4. Instalirajte dual-boot sistem koji će vam omogućiti da pokrenete Windows ili Linux na svom kompjuteru.

  3. Hardver

    Podaci se mogu čuvati na različitim fizičkim uređajima za skladištenje, kao što su CD-ROM, DVD, USB memorija i hard diskovi. Ovi uređaji za skladištenje moraju biti priključeni na neki postojeći direktorijum na vašem sistemu pre nego što se omogući pristup podacima koji se na njima nalaze. Proces priključivanja uređaja na vaš sistem se zove se aktivacija. Direktorijum gde je priključen uređaj naziva se tačkom montiranja.

    Srećom, u većini slučajeva, vaš Bio-Linux sistem treba da detektuje i aktivira nova sredstva za fizičko skladištenje. Obično će vam pokazati ikonicu na radnoj površini za sistemske datoteke koje je aktivirao - kao što je hard disk kad radite na live sistemu ili USB.

    Ipak, korisno je znati ponešto o aktiviranju i deaktiviranju. Na primer, ponekad ćete poželeti da izvedete složenije zadatke kao što je omogućavanje drugim kompjuterima da prave datoteke na vašem Bio-Linux sistemu. Možda ćete nekad morati da rešite problem u slučaju da se USB nije aktivirao kako treba, umesto da radite reboot da biste taj problem rešili.

    Opšte informacije o sistemskim datotekama i aktiviranju raspoložive su na stranicama za pomoć Ubuntu zajednice. Pogledajte i linkove koji se nalaze na kraju te stranice.

    Da biste izlistali aktivirane uređaje na svom kompjuteru i njihove tačke montiranja, jednostavno ukucajte:

    mount

    • Prenosivi uređaji - USB memorije i hard diskovi

      Kad uštekate USB ili prenosiv uređaj u svoj Bio-Linux kompjuter, na radnoj površini pojaviće se ikonica. Pre nego što uklonite eksterni uređaj za skladištenje, ne zaboravite da prvo deaktivirate uređaj. To možete uraditi tako što ćete desnim tasterom miša kliknuti na ikonu i odabrati Unmount Volume.

      Napomena: Korisnici su nas izvestili da im se pojavljuje izveštaj o greški "Cannot mount volume - invalid mount option". Izgleda da se to može popraviti tako što ćete u /etc/fstab potražiti liniju "/dev/sdc1 /media/cdrom0 ...etc..." i izmeniti je ili je potpuno izbaciti.

      Više detalja o aktiviranju i deaktiviranju USB-a možete naći na stranicama za pomoć Ubuntu zajednice.

    • Štampanje

      Interfejs za štampanje možete naći u meniju System --> Administration --> Printing. Ovaj interfejs predstavlja alternativni pogled na interfejs na bazi web-a, Cups, s kojim ste se možda upoznali u ranijim verzijama Bio-Linux-a. Ako više volite Cups, stranica za administratore još uvek je raspoloživa na:

      http://localhost:631

      Nadam se da će vam čarobnjak za štampanje biti jednostavan za korišćenje, ali za dalje instrukcije o postavkama štampača preporučujemo vam da pogledate Ubuntu dokumentaciju.

    • NFS mount sistemi datoteka

      Možete staviti diskove vašeg Bio-Linux kompjutera na raspolaganje ostalim mašinama na vašem site-u. Na primer, imate blast baze podataka na jednom računaru i hteli biste da ih učinite dostupnim ljudima koji rade na drugim Linux sistemima. Zbog primera, pretpostavićemo da vam se blast baze podataka nalaze u folderu: /home/db/blastdb

      Osnovni koraci za to su:

      1. Uređivanje datoteke na kompjuteru sa koga hoćete da izvezete sistem datoteka - npr. ovde. Ovo je kompjuter sa blast bazama podataka. U zavisnosti od toga šta tačno hoćete da uradite, možete dodati liniju datoteci /etc/exportfs, na primer ovako:

        /home/db/blastdb mymachine.ip.add.ress(rw)

        čime biste omogućili mašini sa adresom mymachine.ip.add.ress da se priključi na sistem datoteka koji se nalazi na:

        /home/db/blastdb

        ovoj mašini, a korisnicima na mymachine.ip.add.ress sa odgovarajućim dozvolama da čitaju i pišu u tom sistemu datoteka.

        Za deljenje direktorijuma sa brojnim kompjuterima na mreži i za bolju kontrolu nad čitanjem i pisanjem, možete upotrebiti:

        /home/db/blastdb *my.domain.here(ro) my.ip.add.ress(rw)

        čime biste svim kompjuterima na my.domain.here mreži omogućili samo da čitaju, a kompjuterima na my.ip.add.ress da čitaju i da pišu u direktorijumu /home/db/blastdb. Za više informacija o izvozu, pogledajte stranicu priručnika.

        man exportfs

      2. Ponovo pokrenite nfs-kernel-server na mašini za izvoz - Moraćete ponovo da pokrenete nfs-kernel-server na mašini na kojoj ste tek uredili /etc/exportfs datoteku. Da biste to uradili, unesite:

        sudo /etc/init.d/nfs-kernel-server restart

      3. Uredite postavke zaštitnog zida - Na mašini sa koje želite da izvezete sistem datoteka (u ovom slučaju, mašina sa blast bazom podataka), idite na Open System --> Administration --> Firewall. Zatim odaberite opciju Edit --> Add Rule i izaberite tab Advanced. Kliknite na "Allow" "In" "Both" i unesite numeričke adrese klijentske mašine u polju From. Kliknite na Add.

      4. Gornja komanda će otvoriti zaštitni zid za sve veze tog klijenta. Moguće je navesti niz domaćina.

      5. Aktivirajte sistem datoteka - Kad je reč o izvozu, sada ćete moći da priključite sistem datoteka drugoj mašini tako što ćete na toj mašini otkucati nešto slično ovome:

        sudo mount mymachine.ip.add.res:/home/db/blastdb /my/blastdb/location

        Ako želite da sistem datoteka uvek bude aktivan na vašoj drugoj mašini u boot-u, uredite /etc/fstab datoteku na toj mašini i ponovo pokrenite nfs-common:

        sudo /etc/init.d/nfs-common restart

        Pažnja - Ako želite da korisnici imaju pravo prijavljivanja na oba računara, moraćete da sinhronizujete korisničke naloge preko mašine.

    • Deljeni mrežni diskovi

      Možete podesiti svoju Linux mašinu da pristupi Novel Netware deljenim diskovima na vašem site-u. Detalji o tom postupku razlikuju se od site-a do site-a; moraćete da znate informacije o diskovima na svom site-u i da naučite kako Linux koristi tačke montiranja i /etc/fstab datoteku.

  4. Web server

    • Bio-Linux kao web server

      Apache2 je instaliran kao podrazumevana vrednost, ali interni zaštitni zid dozvoliće pristup samo lokalnom domaćinu. Stranicama u folderu /var/www može se pristupiti kroz url baze:

      http://localhost/

      Ukoliko nameravate da pokrenete javni web server, morate biti svesni posledica po bezbeznost ako otvorite Apache za spoljni svet. Od lokalne IT politike zavisi da li će vašoj mašini biti dozvoljeno da pokrene bilo koji web servis i ko će sve moći da mu pristupi.

    • Podešavanje korisničkih html stranica

      Korisnici na vašem sistemu mogu da stave statički HTML i druge datoteke u folder pod nazivom public_html u home direktorijumu. Korisnik sa imenom user1, može pristupiti tim stranama uz pomoć url-a baze:

      http://localhost/~user1/

      Da bi direktorijum public_html sa svojim subdirektorijumima i datotekama bio vidljiv, sve datoteke u tim direktorijumima moraju biti čitljive. Cgi skripta neće biti izvršena po standardu. Sistem administrator mora izmeniti Apache konfiguraciju da bi to omogućio. Detaljnije informacije o postavkama web servera možete naći ovde: https://help.ubuntu.com/community/Servers

    • Pokretanje perl CGI scripta u Apache-u

      Podrazumevana Apache postavka pokrenuće samo CGI skripta smeštena u:

      /usr/lib/cgi-bin

      Kreiranje i pokretanje web skripti kroz CGI može biti nezgodan proces zbog dozvola za pristup datotekama, zahteva za slanje tačnih zaglavlja i ograničenja HTTP protokola. Izlaganje CGI-ja na site-u koji je javno dostupan predstavlja potencijalnu opasnost za bezbednost, a ako to nameravate da uradite, trebalo bi da pregledate svoja Apache podešavanja da biste rizik od hakera sveli na minimum.

      Pošto smo to rekli, brza modifikacija standardne Apache postavke koja sledi, omogućiće svim korisnicima pristup direktorijumu public_html. Jednostavno, uredite datoteku /etc/apache/httpd.conf i nađite bit koji izgleda ovako:

      <Directory /home/*/public_html>
      AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit
      Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec

      Hoćete da promenite poslednju reč i da dodate liniju da bi datoteka izgledala ovako:

      <Directory /home/*/public_html>
      AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit
      Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch ExecCGI
      AddHandler cgi-script .cgi .sh .pl

      Zatim unesite u terminal:

      sudo /etc/init.d/apache2 reload

      da bi Apache prihvatio promene.

  5. Opšta upotreba

    • Rad na tekstu

      Uređivanje teksta

      Na Linux-u ima mnogo programa koji će vam omogućiti da uređujete tekstualne datoteke. Neki od tih programa su jednostavni za upotrebu, kao na primer gedit and nano. Drugi moćni uređivač sa veoma korisnim opcijama može imati strmu krivu učenja. Primeri u ovoj kategoriji obuhvataju vim i emacs. Novim korisnicima preporučujemo grafički program gedit koji se može naći na: Applications --> Accessories --> gedit Text Editor. Možete pokrenuti gedit direktno sa komandne linije ili upotrebite sudo gedit ako treba da uredite zaštićene sistemske datoteke (pogledajte drugo poglavlje iznad).

      Ako radite na Bio-Linux-u tako što se prijavljujete na daljinu putem ssh-a, možda nećete hteti da pokrenete grafički uređivač. U tom slučaju, za vas je nano dobra opcija jer se pokreće u prozoru terminala. Nano prikazuje kratku listu raspoloživih komandi za Save, Exit, Cut, Paste... duž donjeg dela prozora. Npr. da biste napustili nano, unesite "^X" (control-X).

      Softveri za obradu teksta, kao što su Word i OpenOffice Writer nisu obični uređivači teksta i mogu uvesti skrivene znakove i naznake u tekstualnim datotekama čak i kada ih sačuvate kao tekstualne datoteke (sa ekstenzijom .txt). Treba da izbegnete uređivanje tekstualne datoteke programom za obradu teksta ako planirate da tu datoteku koristite kao unos za bioinformatičke programe.

      Kopiranje i lepljenje teksta

      U većini grafičkih aplikacija meni Edit sadržaće opcije za kopiranje i lepljenje označenog teksta. To funkcioniše u Linux-u na isti način kao i u Windows-u.

      Još uvek možete lako da kopirate i nalepite tekst čak i u aplikacijama koje nemaju ovu funkciju. Na Linux-u možete s pravom pretpostaviti da je svaki označeni tekst već kopiran u spremištu. To znači da ne morate da radite ništa posebno pre nego što nalepite tekst: ako je označen, već je kopiran. Lepljenje označenog teksta radi se tako što postavite kursor tamo gde biste želeli da nalepite tekst, a zatim istovremeno pritisnete oba tastera na mišu. Ako vaš miš ima taster u sredini, onda možete nalepiti tekst pritiskom na taj taster.

      Napomena:

      Standardne komande u Windows-u za cut (ctrl-C) i paste (ctrl-V) u Linux-u se ne primenjuju univerzalno jer ove kombinacije tastera imaju različite funkcije u različitim aplikacijama. Kombinacija ctrl-C je standardni način obustavljanja procesa u prozoru terminala!

    • Otvaranje određene datoteke TAB

      Linux-ova alternativa za Excel - OpenOffice Calc-u ili Gnumeric - može se koristiti za otvaranje određenih TAB datoteka. Da biste ih otvorili, idite na Applications --> Office i odaberite jednu od tih opcija. Kad otvarate datoteku uz pomoć OpenOffice Calca-a, proverite da li ste File Type označili kao Text CSV. Takođe, određene TAB datoteke možete otvoriti uz pomoć standardnih tekstualnih uređivača, kao što su gedit ili nano.

    • Čitanje PDF datoteka

      Linux ima veliki broj programa koji mogu čitati i štampati PDF dokumenta, ali preporučili bismo vam da koristite evince. Standardno, dvostruki klik na PDF datoteku otvoriće je u evince-u. Pdf datoteke možete otvoriti na komandnoj liniji tako što ćete ukucati:

      evince pdfName

      Adobe Reader je besplatan na Linux-u i može se instalirati uz pomoć Ubuntu softverskog centra. Ako potražite termin “acroread”, možete kliknuti na taster koji će omogućiti vašem sistemu da preuzme pakete sa izvora "lucid-partner". Zatim samo treba da kliknete na taster za instaliranje da biste dobili Adobe Reader.

    • Društveno umrežavanje i Instant Messenger

      Postoji veliki broj potpuno funkcionalnih alternativa za MSN, Yahoo! ili AIM messenger programe na Linux-u. Sistem za slanje poruka naziva se Empathy. Omogućiće vam da se povežete s različitim servisima za slanje poruka (MSN, AIM, itd) koji podržavaju glas i video. Drugi sistem za poruke koji vam omogućava pristup messenger nalozima je Pidgin kojeg možete instalirati uz pomoć sistema za upravljanje paketima.

      Gwibber se nalazi u standardnoj ponudi na sistemima Ubuntu 10.04, kao i na Bio-Linux-u. Omogućava vam da vidite novije verzije. Možete pokrenuti gwibber sa "Broadcast" stavke na meniju za razmenu poruka.

      Ubuntu ima i Me Meni. Me Meni se otvara ako kliknete na svoje korisničko ime na desnoj strani gornje trake sa zadacima. Me meni omogućava vam da šaljete poruke svim svojim aktivnim Gwibber nalozima. Kad kliknete na koverat na gornjoj traci sa zadacima, pojavljuje se meni na kome možete izabrati hoćete li da ćaskate, šaljete mail ili da pokrenete Gwibber (uz pomoć Broadcast opcije).

    • Više informacija

      Nakon instalacije, gotovo je sigurno da ćete poželeti da instalirate i paket ubuntu-restricted-extras. To je kolekcija korisnih dodataka (kao što su: Flash Player, Microsoft fontovi, video kodeci itd) koji se ne mogu distribuirati uz Bio-Linux iz zakonskih razloga, ali bez obzira na to besplatni su za instaliranje i upotrebu.

      Dodatne informacije koje vam mogu biti interesantne naći ćete na spisku stvari koje je Mitash Shah instalirao da bi zaokružio svoj Ubuntu, uključujući i nazive programa koji predstavljaju ekvivalente u Windows-u.





Published (Last edited): 14-07-2013 , source: http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux/userguide