Phenomics computationala

Odata cu aparitia sistemelor de biologie, de cercetare in medicina genomice si recentele progrese in biotehnologie, biomedicina ca o disciplina stiintifica a devenit dependenta de instrumente de calcul pentru a deduce noi cunostinte din datele experimentale. Paradigme de cercetare au mutat de la o singura gena de cercetare a genomului de studii la nivel. Una dintre abordarile recente cheie care inlocuieste tehnicile clasice sunt date bogate, pe scara larga fenotipuri. Fenotipuri Standard, morfologice care au fost cel mai adesea observate in studii biomedicale nu mai sunt suficiente pentru sistemul pe baza de abordari. In ultimii ani, in tehnici de biologie experimentale au avansat pana la punctul in cazul in care starea organismului poate fi reprezentata cu genomului la nivel de masuratori, si in cazul in care astfel de fenotipuri poate fi masurat in paralel a lungul a mii de conditiile experimentale. Beneficiul principal de fenotipuri este in valoare de informatiile pe care le detin potential: in loc de a studia efectele limitate ale tratamentelor medicale sau observarea evolutiei bolilor de catre un indicator limitat, pe scara larga fenotipuri ne-ar putea oferi cu mult mai bogata, informatii sistemice. Ca fenotipuri astfel de tehnologie si de a le obtine sunt doar in curs de dezvoltare, un pas evident urmator este de a construi instrumente adecvate de calcul pentru a le rezolva. Aceasta este exact misiunea proiectului propus, in cadrul caruia avem in plan sa dezvolte o colectie de abordari de calcul care utilizeaza fenotipuri complexe in analiza de componente active de compusi chimici, genomica functionala (functia de predictie gene) si descoperirea mecanismelor de transcriere regulament.

Raspunzand in acelasi timp in primul rand de date din model de organisme, obiectivul principal al proiectului este de a dezvolta tehnologii care sa permita pentru activitati de cercetare in proiectarea de droguri, de identificare tinta de droguri si de utilitatea pe scara larga fenotipuri in procedurile de diagnostic si de prognostic. Rezultatul proiectului va consta in noi metode de calcul, punerea lor in aplicare in software-ul open-source cadru de data mining, si un set de studii de utilitate in structura-activitate de analiza a drogurilor, genomica functionala si inferenta de cai genetice si de analiza gena secventa.