| Назва: | UPIC: Perl сцэнарыяў, каб вызначыць колькасць маркераў ССР для запуску. | | Аўтары: | Арыас, Рэнэ С.
Балард, Лінда Л.
Шеффлер, Brian E.
USDA, ARS |
| Крыніца: | Биоинформационных. 2009, т. 3, няма. 8, стр. 352-360. |
| NALT тэм: | камп'ютэрнае праграмнае забеспячэнне
ДНК прафілявання
микросателлитных паўтораў
генетычных маркераў |
| Іншыя тэмы: | унікальны ўзор інфарматыўныя камбінацыі |
| Дата выдачы: | 2009 |
| Анатацыя: | Ўвядзем тут паняцце унікальны ўзор Інфармацыйныя Камбінацыі (UPIC), рашэнне інструмент для эканамічна эфектыўнай распрацоўкі ДНК адбіткаў пальцаў / генотипирования эксперыментаў з выкарыстаннем simple-sequence/tandem паўтарыць (ССР / STR) маркераў. Пасля першай праверкі SSR-маркераў праверана на падмноства узораў ДНК, карыстальнік можа ўжываць UPIC знайсці маркер камбінацыі, якія максімальна генетычнай інфармацыі, атрыманай ад мінімальных ці пажаданым колькасць маркераў. Гэта дазваляе эканамічна эфектыўнага планавання будучых эксперыментаў. Мы распрацавалі сцэнарыі Perl для разліку ўсіх магчымых камбінацый падмноства ССР маркеры, і вызначыць на аснове унікальных мадэляў або алеляў, якія камбінацыі можна адрозніваць сярод усіх узораў ДНК, уключаных у выпрабаванне. Гэта робіць UPIC важным інструментам для аптымізацыі рэсурсаў пры рабоце з мікраспадарожнікаў. Напрыклад, з выкарыстаннем рэальных дадзеных з васьмі маркераў і 12 генатыпаў паказвае, што UPIC выяўленыя групы ўсяго толькі трох маркераў досыць дыскрымінацыю ўсіх 12-ўзоры ДНК. Калі маркеры для будучых эксперыментаў быць выбраны толькі на падставе палімарфізму-інфармацыйнага ўтрымання (пас), неабходную колькасць маркераў для дыскрымінацыі ўсіх узорах, не можа быць вызначана. Мы таксама паказваем, што пры выбары маркераў выкарыстаннем UPIC, інфарматыўны камбінацыя з чатырох маркераў можа падаць аналагічную інфармацыю, як, выкарыстоўваючы камбінацыю з шасці маркераў (23 супраць 25 мадэляў, адпаведна), прадастаўленне больш эфектыўнага планавання эксперыментаў. Perl скрыпты з дакументацыяй, таксама ўключаны для разліку долі гетерозиготных локуса на узораў ДНК і вылічыць тры значэнні пас у залежнасці ад тыпу апладнення і частата алеляў з арганізма. |
| URI: | http://hdl.handle.net/10113/30139 |
| Ўваходзіць у калекцыю: | USDA даследаванняў і інфармацыі
|
