Back to site
Since 2004, our University project has become the Internet's most widespread web hosting directory. Here we like to talk a lot about web servers, web development, networking and security services. It is, after all, our expertise. To make things better we've launched this science section with the free access to educational resources and important scientific material translated to different languages.

Direktorijum za silico Drug Design alate - najčešća pitanja


Više informacija možete naći na Click2Drug , koji pruža sveobuhvatnu listu računarskog drug dizajna, softverskog i veb servisa, kako za strukturalne i liganda proračune.

Moram brzo da nacrtam hemijsku struktura jedinjenja.

Nekoliko veb servisa je dostupno za to, kao što su ChemWriter , jsMolEditor , Marvin molecule editor and viewer i Molinspiration WebME Molecule Editor.

Imam SMILES ( smeške) molekula i voleo bih da znam na koji molekul reaguje ili da dobijem crtež toga.

Možete koristiti Smi2Depict veb servis da nacrtate hemijsku strukturu svog molekula iz jednog SMILES-a. Takođe ga možete videti u 3D pomoću Corina online demo .

Imam datoteku molekula u jednom formatu, ali bih voleo da ga konvertujem u drugi format.

Možete da koristite E-Babel veb servis.

Voleo bih da generišem nekoliko mogućih pravilnika mog molekula.

Možete koristiti Frog2 ili e-LEA3D za ovo.

Imam mali molekul, i voleo bih da znam za koji protein može da se veže.

TarFisDock veb servis pokušava da odgovori na ovo pitanje koristeći suprotnu početnu tačku. PharmMapper služba to radi pomoću pristupa pharmacophore mapa.

Imam mali molekul i želim da pronađem njemu slične.

Ovo se može uraditi pomoću Superimposé veb servisa.

Da li je moguće predvideti obavezujuće sajtove za moj protein?

Ovo može biti urađeno na mreži koristeći 3DLigandSite i PASS veb servis.

Voleo bih da spojim molekul proteina u obavezujućem proteinskom sajtu.

Nekoliko veb servisa je dostupno za to kao što su SvissDock , Pardock i MetaDock,koji su besplatni za akademske korisnike, i DockingServer ,koji je besplatan za akademske korisnike za ograničen broj pristupa dnevno.

Imam protein, a želeo bih da izvršim veliki virtuelni skrining malih molekula na njemu.

Ovo može biti urađeno pomoću Blaster veb servisa.

Moram da izvršim neke kalkulacije zasnovane na strukturi, ali ne postoji eksperimentalna struktura za moj protein. Kako mogu da dobijem strukturni model mog proteina?

Homologni model vašeg proteina možda je već izračunat i možda je dostupan na SWISS-MODEL Repository ili na ModBase. U suprotnom, možete da izračunate model homologije koristeći SWISS-MODEL veb servis.

Trebalo bi da izvršim kalkulacije molekularne mehanike na protein-ligand kompleksu, ali nemam parametre za male molekule.

Možete koristiti SvissParam veb servis da dobijete parametre i topologije za male organske molekule, za upotrebu sa CHARMM i GROMACS. Dundee PRODRG2 Server takođe pruža topologije i parametare za GROMACS.

Trebalo bi da izvršim kalkulacije molekularne mehanike na proteinu, ali ne znam kako da podesim sistem.

Možete da koriste CHARMMing.org veb servis da postavite protein za upotrebu sa CHARMM .

Kako mogu proceniti afinitet malog molekula za protein?

Nekoliko veb servisa je dostupno, kao što su DrugScoreONLINE, i BAPPL server ili BAPPL-Z server .Ovaj poslednji može da se koristi za cink-bazirane proteine.

Kako da dizajniram ligandu proteina, na osnovu 3D strukture obavezujućeg sajta?

Skele skakanja mogu se izvršiti onlajn pomoću e-LEA3D veb servisa.

Želeo bih da izračunam fizičko-hemijske parametre i deskriptore nekoliko manjih molekula za obavljanje QSAR kalkulacije.

Ovo može da se vrši pomoću MolInfo and E-Dragon veb servisa.

Kako mogu da procenim logP vrednost mog molekula?

Veb servis ALOGPS procenjuje logP vrednosti pomoću različitih pristupa. Drugi veb servisi su takođe na raspolaganju, kao što je XScore-LogP .

Da li mogu proceniti toksičnost malog molekula?

To možete da uradite pomoću VirtualToxLab , the OSIRIS Property Explorer , ADME-Tox i Lazar

Da li mogu proceniti ADME parametre malog molekula?

To možete da uradite pomoću ALOGPS , OSIRIS Property Explorer, MODEL - Molecular Descriptor Lab i Free ADME Tools veb servisa.



Published (Last edited): 14-11-2012 , source: http://www.click2drug.org/FAQ.html