Tim Baker

Source: http://www-biology.ucsd.edu/faculty/baker.html

e-mail: tsb@ucsd.edu
Pagina de start Lab: Baker Lab

   Ideea de primar al cercetării noastre este de a viruşilor şi a obţine perspective imagine despre modul în care acestea interacţionează cu gazdele lor, replica, şi mature. Noi folosim instrumentele de crio-microscopie electronică (CryoEM) şi trei-dimensionale (3D), imaginea-reconstrucţie să respecte viruşi sau particule asemănătoare virusului şi de a examina interacţiunile intermoleculare la nivel sub-nanometrică rezoluţii. La astfel de rezoluţie, este posibil să discearnă şi să facă distincţia componente virale (proteine, acizi nucleici, lipide, glucide) şi chiar vizualiza detalii secundare structurale, cum ar fi alfa-si beta-helices foi în proteine. Virusi in curs de investigare includ bacteriofagi phi-29 şi P22; viruşi Gemeni, partitiviruses mai multe, parvoviruses (bocavirus umane şi mai multe serotipuri de adeno-asociate viruşi atât ca virionilor nativ şi complexate cu anticorpi neutralizanţi şi moleculele-receptori), reovirusuri, un tetravirus, două totiviruses distincte, şi viruşi de mai multe, mari dsDNA care infectează alge şi insecte;. şi o familie de mici, virusuri anvelopate, ssRNA care includ membrii care sunt agenţi patogeni grave omului şi au fost enumerate în calitate de agenţi posibil de bio-terorismului     Probele pentru CryoEM sunt blitz congelate atat de repede ca acestea să fie păstrate într-un strat subţire de gheaţă non-cristalină. Ele sunt menţinute în această stare în microscop electronic cu transmisie, care este răcit fie azot lichid sau temperaturi heliu lichid. Doua state-of-the-art, controlata de calculator microscoape sunt disponibile pentru acest lucru. Ele ajuta foarte mult cercetător în colectarea zeci de mii de imagini de virus care sunt adesea necesare pentru a obţine de inalta rezolutie reconstrucţii 3D.     tehnici de reconstrucţie calculator sunt continuu dezvoltate pentru a extrage mai eficient şi mai eficient de informaţii utilizabile de la datele imaginii zgomotoase. Cu ajutor de la San Diego Supercomputer Center personal, ne-am dezvoltat un nou sistem (AUTO3DEM) care automatizează o mare parte din măsurile plictisitoare în procesul de reconstrucţie 3D. Noi de multe ori sunt acum capabili să obţină reconstrucţii la nivel sub-nanometri rezoluţie în câteva zile sau mai puţin după imaginile sunt înregistrate.

Tang, J., GC Lander, A. Olia, R. Li, S. Casjens, P. Prevelige Jr., G. Cingolani, TS Baker, şi JE Johnson (2011) Privind în jos ţeava unui portal bacteriofag: genomul ambalarea şi supapă de presă în P22. Structura, 19:496-502.

Gurda, BL, KN-mamă, H. Bladek, RS Sinkovits, MA Dimattia, C. schimbare reală, A. Castro, R. McKenna, N. Olson, K. Brown, TS Baker, şi M Agbandje-McKenna (2010) Human capsida structura Bocavirus: perspective în repertoriul structurale ale Parvoviridae.. J. Virol. 84:5880-5889

Ng, R., L. Govindasamy, BL Gurda, R. McKenna, OG Kozyreva, RJ Samulski, KN-mamă, TS Baker, şi M. Agbandje-McKenna (2010) Caracterizarea structurala a dual glycan obligatoriu adeno -virus asociat serotip 6. J. Virol. 84:12945-12957

mamă, KN, R. Khayat, MM Suhanovsky, L. Tu, J. Cortines, CM Teschke, JE Johnson, şi TS Baker (2010). P22 structuri proteice strat dezvăluie un mecanism nou pentru maturare capsida: stabilitate, fără proteine ​​auxiliare sau crosslinks chimice. Structura 18:390-401.

părinte, KN, RS Sinkovits, MM Suhanovsky, CM Teschke, EH Egelman, şi TS Baker (2010) Cryo-reconstrucţii de P22 polyheads sugerează că asamblare fage este nucleate de interacţiuni între trimeric proteine ​​strat. Fiz. Biol, 7:045004..

Sinkovits, RS şi TS Baker (2010) Povestea a două symmetrons: normele pentru construcţia de capsids icosahedral din trisymmetrons şi pentasymmetrons. J. Struct. Biol. 170:109-116 Suhanovsky, MM, Parent, KN, Dunn, SE, Baker, TS, şi Teschke, CM (2010) Factorii determinanţi ai bacteriofag P22 formare polyhead: rolul de flexibilitate în proteine ​​strat de comutare conformationala. Molec. Microbiol. 77:1568-1582. Tang, J., WF Ochoa, Structura H. Li, Havens WM, ML Nibert, SA Ghabrial, şi TS Baker (2010) de Fusarium virusului poae 1 prezinta elemente de conservarea şi variabile de capsids partitivirus şi link-uri evolutive la picobirnavirus. J. Struct. Biol. 172:363-371.

   Tim Baker primit titlul de doctor de la UCLA si a fost un coleg Jane Coffin Childs post-doctoral la Universitatea Cambridge, un Fellow NIH postdoctorale şi Charles A. Regele Trust post-doctoral fellow la Universitatea Brandeis. Din 1983-2004, el a fost la Facultatea de Purdue University, unde a obtinut Premiul Herbert Newby McCoy pentru realizare stiintifica si un NIH de atribuire NIGMS MERIT. El a primit o numire facultate în comun Stiinte Biologice şi chimie si biochimie la UCSD in 2004.