John Wooley

Source: http://pharmacology.ucsd.edu/faculty/wooley.shtml

Cuvinte cheie: Genomics structurale; metagenomics, Bioinformatică şi inferenta computaţională

Cercetarea mea acum în mare parte se concentrează pe genomica structurale (SG) şi metagenomics (MG), împreună cu diverse bioinformatica şi metode de calcul pentru palpare SG şi MG de date şi pentru implicarea comunităţii, prin intermediul tehnologiei web servicii. 
genomică structurale este de mare de transfer (HT) determinarea structuri proteice, obiective alegerea de proteine, care sunt, spre deosebire de orice structura de proteine ​​cunoscute şi a funcţiei anterior cunoscute. Centrul nostru comun pentru Genomics structurale (JCSG: http://www.jcsg.org), finanţat de către Iniţiativa NIH NIGMS Structura de proteine, a creat o conductă HT de a livra structurile de proteine ​​noi şi ne permite să exploreze universul de proteine ​​prin instrumente de bioinformatica. De atunci, am fost capabili să caracterizeze întregul proteome solubil a unui adânc înrădăcinate, termofile eubacterial, Thermotaga maritim, printr-o combinaţie de structuri de calcul a prezis s-au omologi mezofil exista şi de către structura de determinare HT altfel. Folosim, de asemenea, cele trei dimensiuni atomice la nivel de structuri pentru a informa modele metabolice, adnotări genomului, şi alte studii în biologie funcţionale, inclusiv o înţelegere a echipamentului central al vieţii.  
metagenomics este succesiunea sau studiu functional al microbiene uncloned (şi de obicei unculturable) comunităţi ("meta" populaţie genomul), prin analize directe de probe de mediu sau de gazdă-constrânsă. Am stabilit o metagenomics web bazate pe comunitate şi a datelor microbiene secvenţă (şi detalii asociate sau metadate), resursa pentru studiul de calcul a populaţiilor de MG, cu accent asupra ecologiei populaţiilor de astfel de complexe. Această resursă, finantat de Fundatia Gordon si Betty Moore, este numit CAMERA (http://camera.calit2.net) sau Cyberinfrastructure comunitare pentru cercetare avansată microbiene Ecologice marină şi analiză, care are un flux de lucru Kepler pentru a include o serie de opţiuni pentru utilizatori şi permite incorporarea gata de noi instrumente software ale terţilor.  
SG şi zonele de cercetare MG sunt conectate. În special, cercetarea noastra SG împuterniceşte bazate pe IT pentru a ajuta la eforturile de a caracteriza natura comunitatilor bacteriene, prin avansarea adnotare (secvenţa de informaţii), precum şi alte informaţii privind mecanismul funcţional. Avem, de asemenea, folosit de web-server bazate pe tehnologie, care este scalabil si extensibil pentru a construi un proiect pilot pentru un sporirea impactului de proteine ​​noi şi alţii determina prin eforturi SG, care pot servi, în general, pentru ca o comunicare şi o platformă de colaborare pentru multe domenii de biologie, inclusiv metagenomics. Ca un experiment în avansarea înţelegere funcţională a proteinelor romanului caracterizat prin conducte HT, instanţierea primul astfel de piloţi este TOPSAN (http://www.topsan.org), Open adnotări Reţeaua de proteine.
facilita, de asemenea mai am de dezvoltare la scară de cercetare interdisciplinară şi iniţiative, precum şi oportunităţile de învăţământ comparabilă construit pe punctele forte de cercetare existente. O provocare majoră de relevanţă profunde la departamentul de farmacologie de interes deosebit ar fi să se stabilească o abordare major de colaborare pentru a înţelege mecanismele moleculare de recunoaştere, o provocare care ar necesita participarea si au un impact în multe domenii de campusul nostru, inclusiv SSPPS, SOM (în special, inclusiv farmacologie), SIO, JSOE, precum şi ştiinţele fizice şi biologice (în special, inclusiv departamentul de chimie-biochimie).
Cele mai relevante pentru cercetarea mea şi de viziune campus sunt documente de revizuire am editat pe o gamă largă de oportunităţi de calcul ştiinţa de a contribui la biologie experimentală; unele sunt prezentate mai jos, astfel cum sunt unele din genomica noastre structurale şi contribuţii metagenomics, şi, de asemenea, punerea în aplicare a cyberinfrastructure de a beneficia ştiinţei biologice si biomedicale. 

Publicaţii recente

Chung, S. şi Wooley, J (1997), "impactul probabil al Evoluţii în calculator pe bază de informaţii, în reţea şi de cercetare: o perspectivă de la Stiinte Biologice,". în Echiparea Ştiinţa pentru secolul 21, ed. John Irvine, Ben Martin, Dorothy Griffiths si Roel Gathier, Edward Elgar Press, Cheltenham, Marea Britanie. Wooley, J. (1999), "Tendinţe în Computational Biology" Journal of Computational Biology 6, 459-474. Head-Gordon, T şi. Wooley, JC. (2001) "Provocări computaţională în genomica structurale şi funcţionale" IBM Systems Journal 40 265-296

Fraser, C. şi Wooley, J. (2002) Genomics microbiene, FSN Arlington, VA

Wooley, J. (2004) Construirea unui Cyberinfrastructure pentru Ştiinţe Biologice (CIBIO), FSN, Arlington, VA

Wooley, J. (2004) Exploring o frontieră în curs de dezvoltare: interfaţă între biologie şi de calcul "în ştiinţă convergente, Microsoft Press, Cambridge, Marea Britanie. 

Wooley, J. şi Lin, H. (2005) cataliza Anchetă la interfaţa de calculare şi Biologie, Academia Naţionalăde ştiinţă de presă, Washington, DC

Arima, Kayo şi John Wooley. "Capitolul 14: metagenomics." metode de calcul pentru înţelegere genomi bacteriene şi Archaeal. Ed. Xu Ying şi M. Peter Gogarten. Londra: Imperial College Press, 2008. 345-96.