Про СМА

Цей розділ призначений, щоб коротко пояснити трохи про СМА, що знаходиться в ньому, і як ви можете завантажити базу даних для локального використання. Більш повний опис того, що в СМА можна отримати сторінок СМА допомогти. Вони допомагають сторінки зберігаються в СМА себе, і вони також надають іншу інформацію, яка не поширюється на цій сторінці.

Що в СМА?
СМА містить кілька мільйонів фрагментів даних, більшість з яких є крос пов'язані один з одним. Більшість цих даних складається з наступних дій:

• Послідовності (ДНК, РНК і білків)
• Карти та маркерів (фізичної, генетичної та рекомбінантних інбредних карти)
• Клон інформацію для майже 150 тисяч клонів
• Зародкової плазми ресурси (подробиці більш ніж 10000 акцій)
• Автори, опублікованих робіт, і патентної інформації
• BLAST гомології інформації (мільйони окремих хітів BLAST)
• Вставка даних - Детальна інформація про вставлення послідовності і їх геномної місцях
• Зображення - зображення рослин і ДНК-гелі

Інформація послідовності ДНК оновлюється щодня з EMBL бази даних і білкової послідовності регулярно оновлюється з SwissProt і TrEMBL баз даних для забезпечення того, щоб СМА містить всі доступні послідовності Arabidopsis. BLAST інформація оновлюється з кожним новим випуском EMBL (кожні 3 місяці).

Система ACEDB бази даних робить її легкою для посилання, які будуть створені між цими різними типами даних. Кожен з основних категорій даних, відомий як "клас" у ACEDB і категорії також можуть мати підкатегорії, наприклад, AGI_Genome_Sequenceє підкатегорією Послідовність класу і містить тільки ті послідовності, які були пов'язані з Arabidopsis проекту генома. Багато з цих класів дуже великий і не завжди легко переглядати, тому що є дуже багато даних. Переваги цієї структури бази даних, однак, що мова ACEDB запит може бути використаний для отримання досить специфічні фрагменти інформації. Наприклад, розглянемо наступний запит:

Крапка з комою розбити окремі частини цього запиту. У «англійська» він читає, як «Знайти усі Arabidopsis послідовності генома, які, як відомо, на хромосомі IV. Витяг список всіх локусів об'єкти цього, а тільки список тих, які, як відомо, карта позиції.".Цей запит повертає список близько 150 локусів об'єктів, кожен з яких має карту, а також позиції, які відповідають послідовності генома з хромосоми IV. Це може бути не те, що ви після цього, але він показує, як дуже конкретні запити можуть бути зроблені.

Завантажити СМА
СМА знаходиться у вільному доступі для скачування з нашого FTP-сайту. Для використання СМА, таким чином, ви також повинні завантажити виконуваний файл з ACEDB сайту Сенгер центр ACEDB. ACEDB може бути встановлений на UNIX, Linux, Mac, і PC платформ. Після того як ви скопіювали і встановили ACEDB програми, копіювати файли з FTP вище посилаються на відповідне місце на вашому комп'ютері.Ви можете використовувати такі програми, як дзеркало, щоб зробити це.

Мінімальна кількість файлів, які необхідно скопіювати це ті, які знаходяться в / СМА / бази даних загальних папок на нашому FTP-сайту. Вони являють собою вихідні файли даних, які складають всю інформацію в СМА. Тим не менш, ви, ймовірно, також хочуть, щоб скопіювати зображення в / СМА / externalFiles папку. Крім того, якщо ви хочете, щоб ваша копія СМА, щоб повністю нагадують копії тут, вам також необхідно скопіювати файли в / СМА / wspec папку. Тому ми припускаємо, що ви просто скопіювати весь / СМА папку. Інформація на нашому FTP-сайт оновлюється кожну ніч.

Допомога при використанні СМА
Якщо у вас виникли конкретні проблеми у використанні СМА, то не соромтесянаписати нам, і ми постараємося допомогти вам з будь-якими труднощами ви маєте.Якщо ви хочете дізнатися більше про те, як система ACEDB база даних працює, спробуйте читати це керівництво в Сенгер центр і не дивіться на сторінках СМА допомогти. Ви можете спробувати обидва доступних інтерфейсів веб-СМА. Всі інші посилання на цій сторінці введіть СМА використанням AceBrowser інтерфейс.WebAce дозволяє більшу гнучкість при перегляді зображень (можна прокручувати та масштабувати зображення).