Back to site
Since 2004, our University project has become the Internet's most widespread web hosting directory. Here we like to talk a lot about web development, networking and server security. It is, after all, our expertise. To make things better we've launched this science section with the free access to educational resources and important scientific material translated to different languages.

Хвароба-звязанага Шаблёны Генатып

Гэты дакумент адносіцца да нашай публікацыі (доўгія і інш 2009) па ацэнцы генатыпу мадэляў (diplotypes) і тэсціраванне на частаце адрозненняў паміж корпусам і кантроль фізічных асоб. Вось кароткае апісанне аб тым, як выкарыстоўваць наша праграмнае забеспячэнне называецца randompat, RP. Яна ў цяперашні час даступная толькі для ПК пад кіраваннем Windows, але без зыходнага кода (даступна ад мяне) могуць быць складзеныя для ПК Linux з Pascal Compiler бясплатна.

Ўстаноўка

Уваходныя файлы

Як згадвалася вышэй, Ёсць два ўваходных файлаў, файл параметраў і файлаў дадзеных. Файл параметраў ўзору прыводзіцца кароткае апісанне таго, як стварыць гэты файл. Файл дадзеных павінен мець структуру sumstat файл і можа ці не можа ўтрымліваць хромосомные інфармацыі для SNP. Карацей кажучы, радкі ў файл даных адпавядаюць ОНП і слупкі прадстаўляюць асобы, у той час як цела файл утрымоўвае коды генатып, напрыклад, 1 = AA, 2 = AB, 3 = BB, 0 = не вядома. Апошняя радок утрымлівае індыкатар коды статусу захворванні, напрыклад, 1 = кантроль, 2 = выпадак (пацярпелых). Апошнія тры слупкі з'яўляюцца неабавязковымі і могуць паказаць лік храмасом, пасада, і маркер ідэнтыфікатар.

Вашы дадзеныя могуць быць у Plink фармат, у гэтым выпадку вы можаце выкарыстоўваць праграму ўключаныя, p2s, канвертаваць файлы ў Plink sumstat фармаце. Выкарыстаньне Plink і калі ў вас ёсць файлы, званыя data.ped і data.map, спачатку неабходна вырабіць перанесеныя набораў дадзеных з дапамогай каманды,
Plink - файл дадзеных - транспонированная - recode12
Затым запусціце праграму пераўтварэнні, p2s, і выконвайце інструкцыі.

Інтэрпрэтацыя выхаду

Як апісана ў нашай публікацыі (доўгія і інш 2009), праграма выбірае randompat м палімарфізмам на аснове іх індывідуальных значэнне для аб'яднання. Гэта можа быць зроблена з алеляў выпрабаванняў (на аснове табліцы 2x2 алеляў) або генатып выпрабаванні. Натуральна, парадак ОНП ўзяў, як правіла, розныя ў залежнасці ад статыстыкі крытэра выкарыстоўваецца, каб выбраць SNP. Лік т ОНП, для якіх генатып мадэлі фармуюцца з'яўляецца ўваходны велічыні. Два параметра файлы ўключаны ў гэты пакет, RPparamZee2.txt і RPparamZee3.txt. Яны адрозніваюцца ў ходзе выпрабаванні тыпу выкарыстоўваюцца для выбару SNP. Ўзору набору дадзеных, прадстаўленую тут было апісана раней (Хо і інш 2001).

Запуск файла RPparamZee3.txt атрымліваецца наступны вынік:

Праграма RANDOMPAT версіі 11 лістапада 2009 года

Ўзору дадзеных
Уваходны файл = ZeeData.txt
Колькасць назіранняў = 779
Колькасць ОНП = 88
План рэдка калі ехр # OBS <1,00 ў тых выпадках, або кантролю
Колькасць перастановак = 10000
ОНП ўзяў ад генатыпу выпрабаванні. Lambda = 1,0000

=== Назіраных дадзеных, лепшыя 2 ОНП ===

TestSNP   seq.#      chi-sq     p-value chr   position  name
      1      24      9.5254 8.5425E-003   5        231 CD14_05q31
      2      75      7.8312 1.9928E-002  17        113 TP53-2_17p13
779 of 779 individuals showed complete patterns

Observed table of genotype patterns and odds ratios
Controls   Cases  Pattern  OR
      95     112  2 3      1.753
     101      73  2 2      0.903
      59      27  1 2      0.549
      63      30  3 3      0.571
      55      59  1 3      1.448
      40      27  3 2      0.851
      11       8  2 1      0.928
       8       1  3 1      0.157
       5       5  1 1      1.282
sum  437     342  Total = 779
р = 5.0810E-004 для табліцы генатыпу мадэляў

=== Рандомизированные рэгулюецца р-значэння ===
Выпрабаванне SNP 1 5123/10000 = 5.1230E-001 = 0,5123
Выпрабаванне SNP 2 5118/10000 = 5.1180E-001 = 0,5118
Табліца 1272/10000 = 1.2720E-001 = 0,1272

Першапачатковы насення = 6668993751905812589
*** Нд 15 Лістапад 2009 04:36:47 ч ***
*** Нд 15 Лістапад 2009 04:36:55 ч ***

Спіс літаратуры

Хох, J., Віле, А., От, J. 2001. Абрэзка, узважванне, і групоўка палімарфізмам ў чалавечай-Асацыяцыі па кантролі тэматычных даследаванняў. Геном Res 11 (12) 2115-2119.

Доўгі, В. Чжан, Ц., і адтае, J. 2009. Выяўленне хваробы звязаныя мадэляў генатыпу. BMC Біяінфарматыка 10 (Дадатак 1) S75.

Published (Last edited): 14-03-2011 , source: http://linkage.rockefeller.edu/ott/randompat.html