Since 2004, our University project has become the Internet's most widespread web hosting directory. Here we like to talk a lot about web development, networking and server security. It is, after all, our expertise. To make things better we've launched this science section with the free access to educational resources and important scientific material translated to different languages.
isometricblocks
Пры параўнанні геном двух розных людзей, вы ўбачыце адну змены ліст (так званыя SNP, вымаўляецца як "нажніцы") кожныя некалькі тысяч лістоў. Цікавай асаблівасцю з'яўляецца тое, што ОНП іх упарадкавання розных мадэляў, дзе мноства паслядоўных змяненняў часцей за ўсё сустракаюцца разам. Ёсць шмат метадаў для гледзячы на ??гэтыя дадзеныя, так што гэты кавалак спалучае ў сабе некалькі з іх у адным візуальнага адлюстравання. Праект больш падрабязна апісаны ў маёй дысертацыі, пачынаючы з чацвёртай чале.
| Груп шаблонаў часам называюць "гаплотип блокаў". Пра гэта ішла гаворка ў артыкуле (Daly і інш, 2001), якія глядзелі на часткі геному ~ 500 чалавек у пошуках хвароба Крона (Rioux і інш, 2001). Дадзеныя з гэтай працы таксама выкарыстоўваецца ў малюнку вышэй. Колеры ў кожнай радку адлюстраваць адну з (толькі) два варыянты магчымых для кожнага SNP, найбольш распаўсюджаных ў цёмна-чырвоныя, радзей у бялейшы колер. У ніжняй частцы кожнай калонкі, катэгорыя для тых змяненняў, якія адбываюцца ў менш чым 5% насельніцтва. На першы погляд, гэтая схема можа быць выкарыстана для хуткага адрозніць агульнай структуры насельніцтва ў пытанні, з прыкладна 75% тых, хто вывучаў выставе гаплотип блока паказана ў першым слупку, і іншыя, якія працягваюць з правага боку. Такое выява выкарыстоўваецца ў адрозненне ад проста паказвае графік з адсоткамі, якія патрабуюць прагляду разгледзець адносную значнасць кожнага працэнта, а не проста "бачыць" яе. Паколькі памер інфармацыю можна апрацоўваць папярэдне уважліва (апісаных у раздзеле 03/01 дысертацыі), розум працэсаў асноўнай структуры дыяграмы да свядомай думкі дадзена яму. Адна з цяжкасцяў, аднак, што на малюнку вышэй паказана, з кожным SNP, якія маюць шырыню, роўную адлегласці да наступнага SNP, у выніку чаго маркеры, якія блізка адзін да аднаго, каб быць страчаны, і частата пераходаў паміж кожнага блока (шэрыя слупкі) пераважае, калі яны толькі другаснай інфармацыі. Альтэрнатыўны падыход складаецца ў 2D націсніце раўнамернага размеркавання, якая дасць кожнаму SNP (і кожны пераход паміж блокамі), роўнае адлегласць, захоўваючы пры гэтым сувязь з "рэальным" маштабу з выкарыстаннем ліній у ніжняй частцы малюнка. Гэта прадстаўленне карысна для вывучэння дакладных лісты, якія знаходзяцца ў выкарыстанні. Некаторыя лічаць, блок вызначэння спрэчных (у асноўным, таму што могуць быць прынятыя занадта літаральна), таму выкарыстанне інтэрактыўных праграма, якая дазваляе змяняць параметры матэматыцы выкарыстоўваецца для ўстаноўкі межаў на блоках дапамагае прапагандаваць ідэю аб тым, што блокі самі па сабе не азначае, як жорстка, як можа маецца на ўвазе па іх назве. У ніжнім куце злева, шэраг параметраў для статыстыкі можа быць зменены: Cut Высокі КІ "высокай абразаньня для давернага інтэрвалу", выкарыстаны ў карэляцыі блокаў (алгарытм апісаны ў Гаўрыіл, і інш, 2002 ). "Rec" з'яўляецца скарачэннем ад рэкамбінацыі, і "LD" азначае "неравновесия па счапленні". Перамяшчэнне параметраў у зваротным напрамку будзе вырабляць значна больш пярэстую карціну, чым арыгінал. Гэты метад непасрэднага выкарыстання значэнняў дапамагае ўмацаваць для карыстальніка, як сам алгарытм працы. Хуткую зваротную сувязь, каб проста маніпуляванне абразаньня хуткасці як-экран слайдера на дазваляе ўносіць змены ў спосаб, які не з'яўляецца разбуральнай, што дазваляе гледачу выпрабаваць розныя значэнні, але лёгка вярнуцца да папярэдняга стану, "перазагрузкі" функцыі ( хіт ліст г на клавіятуры, каб скінуць ў зыходнае стан). У якасці іншага альтэрнатыўнага, блок-схема можа быць паказаны ў 3D, дзе кожны блок зрушэння трохі ў Z-восі, так што лініі малюнкам пераходаў паміж блокамі можна ўбачыць больш выразна. Адкрыць дапамагае выкрываць пераходаў паміж блокамі, якія непасрэдна прымыкаюць адзін да аднаго. "Ілжывых" 3D ізаметрычнай праекцыі выкарыстоўваецца, што дазваляе дадзеныя, якія будуць паказаны пры захаванні лінейнага маштабавання нуклеотидных маштабу гарызантальнай восі. Цалкам верагодна, рабіць занадта вялікі акцэнт на некалькі страціў пераходаў прызначыць дадатковае прасторавае вымярэнне да іх. Каб больш эфектыўна выкарыстоўваць Z-восі, 3D з падраздзяленнямі гледжання Л. Д. ўсталюе Z-восі на "LD адзінак", яшчэ адной мерай гэтай з'явы апісаны ў Zhang і інш, 2002. Гэта сумесяў блок-схема з дадатковым узроўнем пацверджання, які працуе добра, таму што лесвіца стэпінгу відаць на карце LDU нагадвае вызначэнне блока. Калі карыстальнік ўключае гэты рэжым, праграмнае забеспячэнне павольна рухаецца кожным бары на новае месца, так што пераход можа быць відаць. Дадатковыя націску вяртаецца ў першапачатковы макет так, што дзве кропкі гледжання могуць быць хутка ў параўнанні. Карыстальнік можа з лёгкасцю пераходу ад кожнага тыпу гледжання, уключэнне і адключэнне трохмернага гледжання, калі не патрэбныя, ці змены вызначэння блока ў выпадку неабходнасці, каб убачыць, як усё гэта працуе. Л. Д. Адзінкі зверху круціцца дыяграме, для яго прагляду зьверху, каб паказаць толькі двумерные ўчастка адзінак LD. Гэты тып даследавання дае мноства розных пунктаў гледжання ў дадзеных, абапіраючыся на той факт, што карыстальнікі могуць мець розныя мэты на ўвазе, калі назірання дадзеныя, і асабістыя перавагі адносна таго, як яны аддаюць перавагу, каб бачыць дадзеныя прадстаўлены. Для гэтага, 2D Колькасныя дысплей проста паказвае сыравіны літары дадзеных і працэнт для кожнага, у адрозненне ад больш якасны візуальны блок-схема. Праграмнае забеспячэнне пабудавана для морфинга паміж ўяўленнямі, забяспечваючы цесную сувязь паміж якасна-карысным для першае ўражанне і атрымаць "адчуваць" для гэтых дадзеных, з колькасна-, неабходныя для вызначэння канкрэтных частот гаплотипов, якія прадстаўляюць інтарэс для канкрэтнага даследаванні. Дадатковыя перспектывы на гэтыя дадзеныя могуць быць дасягнуты пры дапамозе іншых ўзаемадзеянне з карыстальнікам, націснуўшы на пэўны блок змяняецца лінія ваг пераходаў каб паказаць, як шмат пераходаў, звязаных з вылучанага блока, дынамічна будынка дрэва, як карэляцыя, што група лістоў ламаецца ў яе ўзнікнення. Для больш прасунутых карыстальнікаў, патрапіўшы літара Да, пакажа лініі графіка 'значэння D для кожнага адносна SNP для іншых, як вы пралангіраваць яго з дапамогай мышы. Звычайна гэтыя дадзеныя паказалі, як 2D палова-матрыцы, так што гэта забяспечвае значна больш кампактныя гледжання, чым поўны сюжэт D ', якая часта займае занадта шмат месца для колькасці інфармацыі, што могуць быць з вынятымі з яго. Націск Z, X, і з ключамі дазваляе карыстальніку пераключацца паміж папуляцыямі (г.зн. пацярпелых ад ўплывае фізічных асоб), паказваючы, як частата гаплотипов прыватнасці павялічваецца ці памяншаецца. Многія аспекты ў генетычных дадзеных змены неабходнасць розных пунктаў гледжання аб тым, як яно разглядаецца, і інтэрактыўнай візуалізацыі праграмнага забеспячэння дае сродкі для пераходу ад гэтых поглядаў у інфарматыўнай форме, паказваючы, як шмат кропак гледжання, звязаныя, але ў той жа час вылучыць розныя аспекты з набору дадзеных. |
| Ранняе Эскіз Інтэрактыўныя версіі ў верхняй частцы старонкі выніку некалькіх ітэрацый. Два раней (друку) версій прыведзеныя ніжэй (націсніце, альбо для падрабязнага ўзору).   Прадстаўленне злева проста злучае кожную лінію змены ў іншых лініях, з якой ён знаходзіцца. У выніку моцна пераплеценыя форме валасінкі, з варыяцыямі, пералічаных у парадку рэлевантнасці, больш адпаведныя дадзеныя былі знойдзены ў ніжняй (шчыльныя мноства літар). Гэта не быў прызначаны як нешта карыснае, але быў больш паў-натхніў шчаслівыя паў-аварыі на шляху да малюнку справа. Правай выявы далейшага кандэнсуецца мноства варыяцый, і змяняе таўшчыню лініі ў залежнасці ад таго часта паслядоўнасці знаходзяцца суседнія адзін з адным. З гэтым паданнем, можна ўбачыць асноўныя тэндэнцыі, тыя, Сартаваць па адносінах да верхняй часткі, якія шырока распаўсюджаныя ў наборы дадзеных. Але гэта яшчэ патрабуе занадта шмат месца для інфармацыі недастаткова. Спасылкі Далі, Марк Дж. і інш. Высокага дазволу гаплотип структуры геному чалавека. Nature Genetics 29, 229-232 (кастрычнік 2001 года) лісты. Габрыэль, Стейси В. і інш. Структура гаплотипов блокі ў геном чалавека. Навука 2002 296: 2225-2229. Rioux, JD і інш. Іерархічная неравновесия па счапленні адлюстраванне ген ўспрыймальнасці да хваробы Крона, каб цітокіны кластар на храмасоме 5. Прырода Жонцы. 29, 223-228 (2001). Чжан, У. і інш. Уласцівасці неравновесия па счапленні (LD) карты. ПАДЗЯКІ Гэты праект быў зроблены ў рамках маёй доктарскай працы ў MIT Media Laboratory ў Маэда ў Эстэтыка Джона і Вылічэнне групы ( АКГ ) і дадатковыя кансультацыі з маёй дысертацыі камітэта (Chris Pullman і Дэвід Альтшулер). Дзякуючы Эндру Колінз за прадастаўленне блок дадзеных LD для дадзенага набору дадзеных. Published (Last edited): 25-05-2011
, source:
http://benfry.com/isometricblocks/
|