De modelare moleculara

Structurile trei cristal dimensionale si RMN de molecule biologice pot fi vizualizate pe internet folosind următoarele programe. Dacă încercaţi să deschideţi un fişier care conţine coordonatele structurale ale unei molecule computerul dumneavoastră vă va cere să "configura un vizualizator". Ai nevoie să-i spuneţi computerul pe care programul pe care doriţi să utilizaţi pentru a vizualiza molecula.

Plug-in Netscape programul Explorer Protein este un program similar cu Clopote, şi rulează pe partea de sus a Clopote 2.0. Protien Explorer vă permite să creaţi modele de panglică de molecule de simplă analiză a structurilor. Protien Explorer va permite, de asemenea, să sublinieze aminoacizi specifici şi să identifice punctele de contact între molecule diferite. Odată ce aţi încărca Clopote 2.0 dvs. în plug-in folder de pe computer oricând vă deschideţi un fişier Protein Explorer va fi activat. "PPB."

Pentru mai multe analiza tehnică a unei structuri, inclusiv măsurarea distanţelor şi a unghiurilor de obligaţiuni, programul WebMol este recomandată. Acesta este un program bazat pe Java, astfel încât computerul dumneavoastră trebuie să fie capabile să ruleze JAVA pentru acest program să funcţioneze.

BAZE DE DATE STRUCTURALE

Primul pas este de a găsi structura unei molecule care doriţi să le examineze. Mai jos sunt link-uri la trei site-uri care conţin structuri. Fiecare dintre aceste fişiere vor conţine trei coordonate dimensionale pentru fiecare atom in molecula.

• Molecule R Us (Http://molbio.info.nih.gov/cgi-bin/pdb) O bază de date la Institutul National de Sanatate, cu proteine si ADN-ul structurilor 3D în format PPB. Introduceţi numele comun de proteine sau molecula care doriţi să căutaţi pentru.
• Baza de date de proteine Brookhaven (Http://www.rcsb.org ) proteine banca de date (PPB) este o arhiva a determinat experimental tri-dimensională de structuri din macromolecule biologice, care deservesc o comunitate globală de cercetători, educatori, şi studenţi.
• Biblioteca de 3-D structurile moleculare (http://www.nyu.edu/pages/mathmol/library/life/) Acesta este un site excelent de învăţământ care conţine modele PPB de molecule biologice simplu: lipide, aminoacizi, hidraţi de carbon şi de nucleotide. Selectaţi caseta "PPB" de mai jos o imagine pentru ao vizualiza cu Clopote.

Introduceţi Explorer proteine site-ul şi introduceţi numele fişierului PPB pe care doriţi să deschideţi., sau puteţi descărca fişierul. PPB direct. Câteva fişiere exemple sunt furnizate.

Pentru a muta structura folosi butonul din stânga pe mouse-ul.

Pentru a mări out noastre ţineţi apăsată tasta Shift şi pe butonul din stânga. Împingerea mouse-ul departe de la tine se va face structura mai mici. Tragerea mouse-ul spre vă va face structura mai mare.

Prin apasarea mouse-ul dreapta vi se va administra opitons mai mult.

• Afişează oferă mai multe opţiuni pentru afişarea structura ca un cadru de sarma sau model de băţ. Dacă sunteţi în căutarea la o proteina ce poate face o diagramă panglică de coloana vertebrală de proteine. Spacefill generează un model care arată van der Waal raze.
• Opţiuni vă permite să activa sau a dezactiva atomi de hidrogen, H-obligaţiuni şi obligaţiuni disulfit.
• Culoare vă permite să schimbaţi culoarea atomi.
• Culorile CPK fiecare atom de o culoare diferită; O = albastru, N = roşu, etc
• Culori bine proporţionat fiecare aminoacid-o culoare diferită; Sa = albastru, etc
• Culorile lanţ fiecare subunitate o culoare diferită.
• Culori structura alfa-helicies roşu, beta-foi de aur, structuri aleatorii alb.
• Culorile polaritatii aminoacizi ca hidrofob (gri) sau hidrofile (mov)

Sub titlul Exploreaza mai mult! aveţi opţiunea de a afişa selectiv şi culoarea lanţuri individuale într-o structură. Selecţii includ desene animate, panglici, cu bile şi băţul şi suprafeţe.

Sub titlul Seq3D puteti afisa selectiv de acid amino individuale şi a reziduurilor de nucleotide prin selectarea aminoacizi individuali în partea de jos a ferestrei pop-up.

(Pentru a utiliza JAVA © lor la acest website, va trebui să fie difuzate Netscape 3.0 + sau MS Internet Explorer 3.0 + pe un Macintosh sau Windows 95 de calculator) Pentru mai mult ajutor, consultaţi instrumentele secţiune.

WebMol permite o pentru a face măsurători de unghiuri şi distanţe atomice şi pentru a analiza datele RMN de la structurile de proteine. Acesta poate fi accesat la adresa următoare şi rulează ca o aplicaţie Java de pe computer. http://www.cmpharm.ucsf.edu/cgi-bin/webmol.pl

Utilizaţi unul dintre site-urile de mai sus pentru a identifica codul pentru structura pe care doriţi să le respecte. De exemplu, coordonatele structurale de insulină "9ins". Introduceţi acest cod în caseta din colţul din stânga al privitorului WebMol şi apăsaţi "Enter".

Pentru a muta structura folosi butonul din stânga pe mouse-ul.

Pentru a mări out noastre ţineţi apăsat butonul din dreapta. Împingerea mouse-ul departe de la tine se va face structura mai mare. Tragerea mouse-ul spre vă va face mai mică structrue.

Numărul şi un singur cod de scrisoare de aminoacizi sau nucleotide care mouse-ul indică spre vor fi afişate în colţul din dreapta sus.

Mai multe opţiuni sunt disponibile prin intermediul butoane la dreapta şi de jos a ecranului.

• Pornirea de pe etichete optiunea va ataşa etichete pentru fiecare aminoacizi sau nucleotide.
• Cele trei cutii în colţul din dreapta sus vă va permite să modificaţi culorile folosite, care atomii sunt afişate şi vor genera suprafeţe (o mulţime de memorie este necesar).
• Butonul Select aduce-o fereastră care vă permite să alegeţi care aminoacizi doriţi să le vizualizaţi. Acesta poate fi resetat prin apasarea butonului "ResetSlab".
• Butonul Focus vă permite să selectaţi un singur atom şi a vizualiza numai în atomi, în termen de o rază de set. Acesta poate fi resetat prin apasarea butonului ResetSlab.
• Sub Msure caseta (măsura) aveţi mai multe opţiuni.
• Dist vă permite să măsoare distanţele atomice. Faceţi clic pe mouse-ul pe cei doi atomi pe care doriţi să le măsoare.
• Unghi va măsura un unghi între trei atomi consecutive.
• Dihed va măsura unghiul diedru între patru atomi consecutive.
• DMat generează un 2-D profil RMN din structura dumneavoastră. Puteţi vizualiza atât modelul şi profilul simultan şi să respecte distanţele dintre atomi.
• Rama generează un complot Ramachandran de proteine.
• Center vă permite să alegeţi un nou centru de rotaţie pentru structura.