Back to site
Since 2004, our University project has become the Internet's most widespread web hosting directory. Here we like to talk a lot about web servers, web development, networking and security services. It is, after all, our expertise. To make things better we've launched this science section with the free access to educational resources and important scientific material translated to different languages.

Najčešće postavljena pitanja i Feedback

Q0. Kako mogu da dobijem najnovije Dopune i ispravke grešaka?
Q1. Da li su raniji NBO 5.0 ili NBO 5.G programi radili sa Gaussian 09?
Ne. Međutim, NBO 5.9 može biti “omogućen” za bilo koji Gaussian 09 ili Gaussian 0.3 i izgleda da podržava sve ne-PBC Gaussian valne funkcionalne opcije u obadve verzije. Ostavština NBO 5.0 programa mora da se koristi za G98 i prethodne Gaussian verzije. NBO 5.9 opcija nadogradnje omogućava trenutnu NBO 5.0/NBO 5.G licencu - nosioca da primi potrebnu šifru za G09/NBO5 sposobnost za smanjenim troškovima
Q2. Iz nekog razloga NRT ( ili STERIC, CMO, FIXDM, NCS, NJC,itd.) ključna reč nije prihvaćena, iako imam najnoviju Gaussian verziju. Šta nije u redu?
Programski paket Gaussian kao što je Gaussian 09 se distribuira sa NBO 3.1 (zastareli program iz 1980-te godine koji ne podržava razvojni tim NBO-a). Morate da nadogradite na novu verziju NBO 5.0 (trenutno, NBO 5.9) kako bi imali pristup ovim novim NBO - zasnovanim analizama opcije (ali vidi Q3).
Q3. Kako mogu da koristim NBO 5.9 sa G09W ili druge binarne P-Windows programe? [ Vidi takođe Q23]
Windows - bazirani binarni program G09W sadržava ugrađene L607 "NBO 3.1" koje se ne mogu zameniti sa NBO 5.9. Međutim, ARHIVA fajlova proizvedena od NBO 3.1 još uvek je čitljiva od strane svih post-1980 verzijama programa NBO, uključujući GENNBO 5.0W. Samim tim praktična strategija je da koristimo G09W/NBO3 da generiše ARHIVU (.47) fajlova, koja se potom koristi kao ulaz u GENNBO 5.0W za NRT, STERIC, CMO, PLOT, i za druge nove opcije. [ Napomena: Međutim, imajte na umu da suštinske interaktivne opcije (NCS, NJC, NEDA, $DEL), ne mogu se samostalno obavljati od strane GENNBO 5.0W.] Detalji formata FILE47 i generalni GENNBO program načina korišćenja dati su u NBO 5.0 priručniku.

Konkretni koraci su sledeći:

Prvo, pripremite NBO arhivu (.47) fajla iz vašeg Gaussian niza. Da bi ste to uradili, samo uključite “arhive” ključnu reč i izaberite ime fajla “ file=myjob" u $NBO ključnoj listi vašeg Gaussian ulaznog fajla (sa uobičajenim POP = NBOREAD na kursu kartice). Trebalo bi da pronađete “myjob.47” fajl u produkciji ovog niza.

Drugo, modifikujte myjob.47 fajl dodavanjem željene ključne opcije u $NBO...$END ključnoj listi u drugoj liniji tog fajla. Zatim, sa myjob.47 u istom direktorijumu, ili (a) pokrenite GENNBO 5.0W i pratite upustva, ili (b) pokrenite vaš OS - specifičnim GENNBO ( kreiran sa ENABLE.F i sistemskim kompajlerima) iz OS odzivnika, sa myjob.47 kao standardni ulaz (tj. GENNBO < myjob.47 > myjob.out)
Q4. Sa Gaussian pokušao sam da procenim NPA optužbe na korelaciji MP2 nivoa, ali rezultati izgledaju identičnim korelaciji HF rezultata. Šta nije u redu?
Morate uključiti "DENSITY=CURRENT" (kao "DENSITY=MP2") u Gaussian-ovom kursu kartice za analizu višeg nivoa korekcije za HF gustinu.
Q5. Moj Gaussian posao ne proizvodi nikakav NBO izlaz ali umesto toga pokazuje poruku "NBO is unable to handle linearly dependant basis sets." Šta to znači, i šta mogu da uradim?
Gaussian program proverava da li postoje numeričke nestabilnosti usled skoro-linearne zavisnosti baznih funkcija (uglavnom usled uključivanja difuznih funkcija) i smanjuje osnovnu postavljenu dimenziju ako je potrebno. Kada se to desi, Gaussian ispisuje gore navedenu poruku o grešci i obilazni ulazak u NBO. Jedno od mogućiih rešenja je da se pokrene isti posao na G94 ili ranije G9X verzije. (To se obično radi, jer NBO ima svoje provere za numeričke nestabilnosti.) Drugo rešenje je da se uključi IOP (3/32=2) da zaobiđe Gaussian-ov test linearne zavisnosti. Međutim, ako je linearna zavisnost zaista teška, jedina alternativa može biti da se ukloni “+” ili druga osnovna funkcija, sve dok se Gaussian-ova linearna zavisnost ne aktivira.
Q6. Kada sam obavljao $DEL izbrisan sa Gaussian, program kaže da SCF nije “konvergentan”. Da li to ukazuje na grešku? an error?
Ne. $DEL procedura koristi konvergentan Fock ( ili Kohn-Sham) operator za pojedinačan prolaz energetske procene izbrisane gustine koja se razlikuje od “konvergentne” (pune) gustine. Stoga, ova poruka se može bezbedno ignorisati.
Q7. Upoređivao sam NPA sa posla na Jaguar i Gaussian i otkrio da se mnoge NAO populacije razlikuju u obadva programa. Ko je u pravu? .
Obadva su. Ako su interne ulazne koordinate zaposlene, različiti sistemski programi često koriste drugačije izbore kartezijanskih koordinatnih sistema. Pod ovim uslovima, znači, npr. “x” je drugačiji (u odnosi na molekularnu orijentaciju) u dva proračuna, i populacija “p(x)” NAO će u skladu sa tim biti drugačiji. I pored toga, dva programa treba da daju iste NAO populacije ako su koordinatne ose dosledno izabrane.
Q8. Moja MP2 kalkulacija pod Gaussian dovelo je do mnogih poruka upozorenja na “ne-fizičku” okupaciju i na kraju se to zaustavilo. Šta nije u redu?
MP2 i srodne metode dovele su do približavanja narušene gustine koja nije fizički u skaldu sa N - česticama talasne funkcije (tj. ne N - reprezentativna) red po red. Ova narušena neslaganja su beznačajna kada se narušene serije dobro ponašaju, ali one ponekad postaju ozbiljne (primoravaju napuštanje NBO analize) za spin-zagađene otvorene-ljušture sistema i lošije konvergentne slučajeve. U takvim slučajevima NBO poruke o greškama upozoravaju da je MP2 gustina nepouzdana. FIXDM ključna reč može da potisne neke od ovih poruka o greškama, ali ne može “ispraviti” fizički ne-konvergentne narušene ekspanzije
Q9. Moj NRT posao ide u beskonačno zavisnost što zahtjeva ubijanje poslom. Kako mogu da prepoznam da posao zavisi, i šta mogu da uradim da to sprečim?
Zavisnost je verovatno rezulat slučaja gde je očigledno otkrivena hiper-valencija i program je pokušao da ponovo pokrene NRT sa NRTFDM opcijama koristeći punu (umesto samo valencija) matricu gustine, ali bez dovoljno memorije da primi neophodne referentne strukture. ( Potražite poruku za “očiglednu hiper-valenciju” blizu donje strane .LOG fajla da vidite da li je ova vrsta zavisnosti pogodna.) Rešenje je da se obezbedi PUNO memorije za eventualne hiper-valencijske slučajeve, i/ili da se uključi NRTFDM ključna reč tako da puna gustina matrice se koristi od početka. U ovom slučaju, neadekvatna memorija će dovesti do ranog prekida, radije nego da beskonačno zavisi
Q10. Pokušao sam da odem na viši nivo MP2 ili CASSCF tretman, ali iznenada nije bilo NBO orbitalne memorije i nema tabele od 2-gog reda narušene energije. Šta nije u redu?
NBO ocenjuje “orbitalnu memoriju” i 2. red stabilizacije energije samo kada postoji dobro definisana 1-elektronski efektivni Hamiltonian operator (npr. Fock ili Kohn-Sham operator). Takav operator je nedostupan za korelirane opise, osim onih DFT vrste.
Q11. Često vidim poruku upozorenja o “inverzije populacije” posle NPA analize. Da li treba da budem zabrinut?
Verovatno ne. “Inverzija” (zauzetost naručivanja u neskladu sa energijom naručivanja) se verovatno javlja zbog Rydberg vrste orbitala veoma niske zauzetosti ili skoro-degeneracije u zauzetosti ili energije, tako da nema značajnih fizičkih efekata da su označeni. Suprotni slučaj o “inverziji” uključuje visoko-zauzete, ne-degenerisane orbitale koje označavaju uzbuđen stav.
Q12. Kako mogu da dobijem NBO orbitalne dijagrame ili od drugih prirodnih lokalizovanih orbitala?
Ako se ESS integriše u NBO i čitanje-pisanje fajla; pokazajuća provera (ili SPARTAN) opcija može omogućiti da se koriste standardne MO- planirajuće metode plana za lokalizaciju pisane orbitalne (preko MOs) u ovom fajlu. NBOView uslužni program (vidi info poredak) koji više pruža opšti način da se dobieu 1-d širine profila, 2-d konture plana, ili prikazuje 3-d fotografije - slične slike sa bilo kojim željenim lokalizovanim orbitalima, koristeći ulazne fajlove kreirane od strane ključne reči PLAN. NBOView orbitalna slika je ilustrovana u logou na početnoj stranici i na drugim mjestima u celom ovom sajtu.
Q13. Ne mogu kompajlirati gennbo.f sa g77 kompajlerom na mom Linux sistemu. Šta nije u redu?
Koristite kompajler direktivu

         g77 -Wno-globals -fno-globals gennbo.f -o gennbo

da bi se zaobišla provera za strogu konzistetnost između definisanih vs. nazvana argument lista potprograma.
Q14. Moj nbo_59.src fajl sadrži mnoge "^@" kontrolne karaktere koji nisu bili na originalnom CD-u. Šta se desilo?
.Src tekst fajl može biti prenet između različitih operativnih sistema koristeći Windows-vrstu ftp uslužnog programa sa “T/B” ( umesto teksta “T”) kao podrazumevane stavke fajl-vrste.
Q15. Radim sa lantanidima i/ili aktinidima. Da li particionisana NBA šema prepoznaje 5d (za lantanide) i 6d (za aktinide) pod-ljušture kao “valentne” pod-ljušture, i da li će to uticati na moje NPA optužbe?
Sve nedavne NBO 5 verzije (uključujući 5.9) prepoznaju sve pod-ljušture kao valentne orbitale, u skladu sa posmatranom delimičnom zauzetošću ovih pod-ljuštura u pojedinim baznim stavovima - stavovima atoma "f-block" lantanida i aktinida [J. Comput. Chem. 28: 198-203, 2007]. Particionisanje NBO za lantanide / aktinide je sada u skladu sa odavno uspostavljenim glavnim tretmanom i tranzicijom blokova i poznatih baza stavova atomske konfiguracije. Starije NBO verzije usaglašene sa Madelung Pravila,što primorava neke lantanide i aktinide da se analiziraju u smislu uzbuđenog-stava atomske konfiguracije.) Ove promene mogu da utiču na NPA optužbe [J. Chem. Phys. 121, 2563-2570, 2004]. Za promenu koda - da bi starije verzije NBO u skladu sa NBO 5.9 u tom pogledu, pogledajte ažuriranje.
Q16. Kako mogu da koristim NBO 5.9 sa NWChem?
Interfejs kod NWChem 3.2 više ne radi sa aktuelnom NWChem verzijom. Međutim, nwnbo.F kod proizveden od strane NBO 5.9 može biti popravljen sa nwnbo.patch (patch -p0 < nwnbo.patch) i kompajliran sa NWChem 5.1.1 (Juni 2008 izdanje). Za korisnike sa NWChem 5.1, NBO_Fix.tar tar-fajl sadrži nwnbo.patch i sve potrebne fajlove da omogući NBO da kompajlira u NWChem 5.1. Tar-fajl sadrži dokument PROĆITAJ ME koji daje pregled kako da izvršite operaciju popravljanja. [ Zahvaljujemo Dr. Bert de Jong (PNNL, bert.dejong@pnl.gov) za ova ažuriranja i komunalije. ]
Q17. NBOView za Mac OS X upustva za instalaciju nije uspelo da radi na mom novijem modelu Macintosh. Šta nije u redu?
Biblioteke koriste NBOView koje nisu dosledne i dostupne na novijim modelima Macintosh. Možete koristiti Xcode 3.1.2 (preuzeti sa Apple Developers Web Site) i gnu kompajler gcc4.4 za Intel macs ( preuzeti sa http://hpc.sourceforge.net/) da sastavite i link NBOView programa sa sledećim komandama: ( koristeći Terminal aplikaciju):

(1) Sastaviti draw.c program sa gnu kompajlerom koristeći sledeću komandu gcc:

         gcc -c -D_XWINDOWS -D_MACOSX draw.c

(2) Sada sastavi nboview.f kod za fortran i link do draw.o objekt fajla i X-windows biblioteke sa gnu kompajlerom koristeći sledeću gfortran komandu:

         gfortran nboview.f draw.o -L/usr/X11R6/lib -lX11 -o nboview

(3) Na kraju, uklonite draw.o objekt fajla:

         rm draw.o

Sada bi trebali da imate izvršni nboview program koji se može pokrenuti kucanjem ./nboview iz Terminal aplikacije.
Q18. Moja NICS-vrsta NMR kalkulacije sa NCS ključnom reći vremenski je neuspješna u poslednjim G09/NBO 5 verzijama. Šta je najnovije na ovom pitanju?
Svi poznati NCS problemi sa “MO” opcijama su rešeni u trenutnoj NBO 5.9 distribuciji. Međutim, NICS-vrsta kalkulacije sa Bq atomima i dalje može naići na grešku (“Pot-program NAOANL nije mogao da nađe s-vrste valentnih orbitalnih na atomima gh...”) u zavisnosti od kompajlera i procesora koji se koristi za izgradnju G09 programa domaćina. Za G09 (ili G03) izgrađen sa Intel Fortran kompajlerom na Itanium procesoru, NISC kalkulacija se izvodi bez greške. Međutim, kompilacija sa PGF za Nehalem procesore (kao što je preporučeno u uputstvu G09) dovodi do grešaka u NICS aplikacijama. (Proverite nazad za trenutne informacije kao i koji su dalji pokušajii napravljeni da se reši ovaj problem. Zahvaljujući Dr. Miri Karn za priznavanje kompajlera specifične specifičnosti nedavnih G03/G09 distribucije.)
Q19. Moj pokušaj da sastavim GENNBO za Mac OSX platformu nije uspeo sa g77. Sa gfortran, kompilacija je očigledno uspela (bez poruke o grešci), ali rezultat gennbo.exe programa je naglo prekinut. Šta nije u redu?
Iz nejasnih razloga, 64-bitni Mac OSX sistemi moraju biti izabrani sa “32-bitnim celim brojem” sa opcijom u meniju enable.f postupku za upotrebu sa raspoloženim otvorenim-kodom prevodioca. Rezultat gennbo.f koda se zatim može prevesti i sa gfortran (ne g77, iako je očigledno na kraju svog razvojnog ciklusa), koristeći, npr.

         gfortran gennbo.f -o gennbo_32

(Ignorisanje mnogih upozorenja o HOLLERITH do INTEGER konverzacije.) Ovi proizvodi gennbo_32.exe uspešno rade kao 32-bitna aplikacija.
Q20. Moj DFT brisanja (POP=DEL) posluje sa G09 i ne slaže se sa odgovarajućim G03 poslovima. Šta nije u redu?
Opcija integracije je modifikovana u G09 koji pogađa sve $DEL evaluacije sa DFT metodama. Svi G09 korisnici treba ponovo da pokrenu takve poslove sa IOp radnom-širinom ilustrovano ispod:

         #B3LYP/6-31+G* Pop=NBODel SCF=NoVarAcc IOp(5/48=100000)

Greške utiču na struju (12/15/2011) revizije C i bivših revizija A, B od G09, ali da se otklone u narednim revizijama.
Q21. Moj pokušaj da se sastavi gennbo.f na Ubuntu 11.10 (32 bit x86) sa gfortran daje izvršenje koje nisu radili sa ORCA. Onda sam instalirao i pokušao g77 kompajler (kao u Q13), ali to nije uspelo sa “ne mogu naći” sa porukama o greškama za crtl.o, crtl.o (“Nema takvog fajla ili direktorijuma”) i -lgcc_s. Šta nije u redu?

G77 kompajler ne pronalazi potrebne deljene biblioteke. Potrebnn su dva koraka da se popravi ovo:

Korak 1 ( u Terminalu) :

         LIBRARY_PATH=/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu:$LIBRARY_PATH
         export LIBRARY_PATH

Korak 2 ( u terminalu, u i486-linux-gnu direktorijumu):

Polomili smo link nestale libgcc_s.so biblioteke (/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/libgcc_s.so) može se popraviti sa komandom:

         sudo ln -s /lib/i386-linux-gnu/libgcc_s.so.1 libgcc_s.so

Onda g77 kompajlira komandi Q13 koja bi trebala pravilno da funkcioniše.
Q22.
Kada se orbitala vizualizovala ( ili potražite PNBO integralno preklapanje) očekivano E(2) donator-akceptor stabilizacije interakcije, mislim da se umesto toga donatori akceptori preklapaju negativno (out-of-phase, "antibonding"). Šta nije u redu?

Ništa. Donator-akceptor E(2) vrednosti ( ili zaista bilo kakve kvantne mehaničke primetnosti) može zavisiti samo od apsolutnog kvadrata talasne funkcije, a ne na fazu( znak) pojedinačnih orbitala. Zaista, znak nekih posebnih donatora za prihvat preklapanja integrala zavisiti će od proizvoljnog izbora koordinatnog sistema, koji nema nikakvo značenje. U osnovnoj teoriji uznemirenost dovodi do E(2) vrednosti, uznemirenosti mešanja koeficijenata za donatora ili primaoca orbitala na “pogrešnoj” fazi biće automatski uzeto sa suprotnim znakom da se održi pravilan odnos u fazi “vezivanja”. [ Možete proveriti tako što ćete gledati detalje rezultantnog NLMO, u kojima će se donatori i akceptori NBO naći da se mešaju da suprotnim znacima kad god direktna Fock matrica elementa (ili pridruženo PNBP integralno preklapanje) od E (2) brojilac se pojavljuje na “pogrešan” znak,] Ako pregledate orbitale sa NBOView, slobodno koristite komandu prijavite sa dobrom savesti da preokrene bilo koji orbitalni znak i očekuje obnovu u fazi super-pozicije donatora i akceptora orbitala.
Q23.
Uprkos onome što sam rekao u Q3,archive .47 fajlova koji su proizvedeni po mom G09W programu ne može se koristiti na bilo kojem sadašnjem GenNBO programu. Šta nije u redu?

Programske promene su napravljene u Rev. C.01 verziji od G09 koji krše standard oblikovanja .47 i napravite NBO arhivske fajlove iz "NBO 3.1" neupotrebljive u obe linux- i windows-bazirane distribucije. Predstojeće revizije G09/G09W se očekuju da isprave ove greške.




Published (Last edited): 03-04-2013 , source: http://www.chem.wisc.edu/~nbo5/faq.htm