UC San Diego superordinateurs Ede Speed Design High-Tech Dwòg
Source: http://ucsdnews.ucsd.edu/newsrel/supercomputer/hightech-drug.asp
By Paul K. Mueller
W gen pou fè a-wo kalite bèl avantaj nan desine dwòg nouvo rpoz sou gwo teknoloji zouti, espesyalman enfòmatize, similasyon ki genyen twa dimansyon nan pwoteyin. Chèchè nan San Center a supèr Diego (SDSC), kontribye kapasite masiv yo enfòmatik nan yon kolaborasyon ak kòlèg li nan University of Washington (UW) ak IBM, te ede reyalize pi gwo-tout tan pwoteyin-estrikti prediksyon a - epi li te fini simulation a konplèks nan mwens pase twa èdtan.
Dapre nan University of California, San Diego, SDSC bay sipò cyberinfrastructure pou enstitisyon anpil atravè mond lan edikasyon ak rechèch.
Te demonstrasyon an inogirasyon, pati nan evalyasyon an bizanuèl kritik nan Prediksyon Estrikti (CASP) konpetisyon, ki baze sou UW Baker David pwofesè a Rosetta Postal, li kouri al sou plis pase 40,000 inite tretman santral (proseseur) nan supèr Blue IBM nan Watson Gene, lè l sèvi avèk eksperyans lan te vin sou sistèm nan Gene Blue enstale nan SDSC.
Lè Baker, ki moun ki sèvi tou tankou yon anketè direktè lekòl pou Howard Hughes Medikal Enstiti, orijinèlman devlope postal lan, li te dwe kouri nan seri - kase nan kantite lajan dosil de done, avèk chak pòsyon kalkile separeman.
Atravè yon kolaborasyon rechèch, ekspètiz SDSC a ak resous supercomputing pèmèt ekip Baker la nan kouri postal lan nan paralèl, pwosesis dramatikman atout vitès, ak founi yon tè tès pou kouri postal la sou òdinatè pi rapid nan mond lan ki pa Peye-klase.
Pandan konpetisyon an CASP, rezilta yo nan trillions nan kalkil yon dezyèm yo te manje nan tout rezo a TeraGrid - yon pati nan yon etablisman nasyonal kolaborasyon gri informatique - soti nan SDSC Baker ak ekip li a, bay yo byen lwen plis pouvwa informatique pase te gen te janm disponib nan anvan CASP simulasyon.
Estratejik Aplikasyon Kolaborasyon (SAC) Anplwaye nan SDSC inisye travay la ak Baker ak kòd yo, entwodwi yo NSF resous supercomputing, epi li te ede echèl ekip li a moun ki kòd nan kouri sou superordinateurs.
Ross Walker, yon SAC enfòmatik syantis, jere aksè gwoup la Baker nan machin SDSC pandan konpetisyon an, ede yo optimize postal la pou òdinatè yo SDSC. Li tou bay Customized alokasyon resous nan SDSC - kle yo kouri kalkil yo tan-sansib kòm byen vit ke posib.
"Sistèm nan Gene Blue se ideyal pou kouri prediksyon estrikti pwoteyin," te di Walker, "jan yo enplike nan pwosesis la predi ke anpil, estrikti anpil moun, optimize yo, epi ki fè nòt Lè sa a, yo, avèk objèktif fondamantal la ki estrikti nan ki fè nòt ki pi byen - enèji ki pi ba a - se estrikti nan lang natif natal. Prediksyon yo pi plis nou kapab fè nan yon tan bay yo, pi bon an. "
CASP kalkil yo se esansyèlman konpetisyon nan mitan savan yo predi estrikti pwoteyin, ak yo, Se poutèt sa, "trè tan-sansib," te di Walker. "Précédemment, ak sèlman pouvwa òdinatè limite, ekip la Baker te ekonomize ni sou kantite lajan informatique yo te fè, ak sou kantite lajan analiz yo te fè sa."
Aksè nan lokal supercomputing SDSC a te enpòtan anpil nan gwoup la Baker, menm jan li pèmèt yo tou de ap ogmante konpleksite nan kalkil yo epi yo jwenn tan pou analiz la avan yo soumèt prediksyon yo.
"Pòs-pwodiksyon analiz done an a enpòtan menm jan génération modèl yo tèt yo," di Vatsan Raman nan ekip Baker la. "Menm jan an tou, eksperyans lan te vin sou machin yo SDSC te anpil valè lè li rive nan kouri postal la sou plis pase 40,000 processeurs. Ke yo te kapab kouri sou machin nan plen nan IBM te yon zouti reyèl pou ekip la Rosetta, sa ki pèmèt nou kouri kalkil plis konplèks ke nou te gen seye fè anvan, nan yon fraksyon nan tan an. "
Ekip la te kapab jenere sou 120,000 prediksyon estrikti, anpil amelyore pwobabilite pou lokalize konformasyon enèji nan ki pi ba, ak imedyatman analize sa yo prediksyon, soumèt estrikti a pi byen kòm prediksyon CASP yo. Pifò notables, Walker di, se ke "tout bagay sa a te fè nan yon jou, avèk kalkil la ap pran mwens pase twa èdtan. Kouri nan seri, oswa sou ti gwoup yo, tankou ki te fèt Jusk'isi, pwosesis la te pran anpil, anpil semèn. "
Comment: Ross C. Walker, (858) 822-0854
Media Contact: Pòl K. Mueller, (858) 534-8564