Back to site
Since 2004, our University project has become the Internet's most widespread web hosting directory. Here we like to talk a lot about web development, networking and server security. It is, after all, our expertise. To make things better we've launched this science section with the free access to educational resources and important scientific material translated to different languages.

Odeljenje za fiziku i astronomiju

Univerziteta Rutgers

Sajt Vanderbilt ultra-soft pseudopotencijala


Ovo je primarni sajt za distribuciju “Ultra-soft pseudo potencijala''(USPP) generacijskog koda iz grupe Davida Vanderbilta na Univerzitetu Rutgers.

Prevodi: beloruski , rumunski (ljubaznošću azoft) nemački (ljubaznošću Anastasije Romanove).

Sadržaj

Pretraživanje i preuzimanje USPP paketa



Da biste pogledali ovaj paket po prvi put i upoznali se sa njegovim sadržajem, možete da pregledate najnoviju verziju u forumu DIRECTORY TREE.

Međutim, da koriste paket, trebalobi da ga preuzmite kao što je opisano u nastavku.

Fortran izvori za pseudopotencijalnu generaciju


Ovaj kod se slobodno distribuira pod uslovima GNU GPL javne licence. Možete ga koristiti za svoje istraživačke svrhe, ili za sličnu upotrebu. Međutim, imajte na umu sledeća ograničenja: Fortran izvori u USPP paketu počinju sa 7.3.3 izdanjem (uspp-733). Prethodne verzije su distribuirane samo putem zahteva preko imejla, poslednja od njih je "a7.3.2". Što se tiče Fortran izvora, uspp-733 je u suštini funkcionalno ekvivalentan sa a7.3.2 (samo veoma male popravke i kozmetička poboljšanja su napravljena prilikom prelaska a7.3.2 na uspp-733)

Glavne promene prilikom prelaska a7.3.2 na uspp-733 su promene strukture direktorijuma, pravljenje fajlova i dokumentacije, kao i dodavanje biblioteke doprinetih pseudopotencijala.

Pogledajte Izvor / PROČITATI za rezime poboljšanja koja su napravljena na izvornim kodovima od jednog izdanja do drugog , uključujući i one koji vode do najnovijeg uspp-736. Detaljne informacije o istoriji izdanja mogu se naći u zaglavlju koje čini prvih nekoliko stotina linija glavnog programa runatom.f.

Biblioteka pseudopotencijala


Ova ​​distribucija sadrži biblioteku pseudopotencijala koje su generisali članovi Vanderbilt grupe ili članovi šire zajednice korisnika. Trenutni status biblioteke je sumiran na sledeći način.

Klikom na element će Vas odvesti na pregled sadržaja direktorijuma biblioteke za taj atom.

Imajte na umu da ono što je postavljeno nije sam fajl podataka pseudopotencijala , već ulazne datoteke moraju da generišu pseudopotencijal. Dakle, čak i da dobijete jedan fajl podataka pseudopotencijala, morate da preuzmete i instalirate paket i pokrenite postupak generacije za odgovarajući atom. Međutim, paket je dizajniran tako da se to lako odradi.

Odricanje: pseudopotencijali koji su doprineti ovoj biblioteci su bez ikakve garancije, eksplicitno ili implicitno, i po njihovom kvalitetu i prenosu. Korisnici moraju prihvatiti odgovornost za adekvatno testiranje potencijala pre nego što ih koriste u aplikacijama.

Biblioteka ima oblik stabla direktorijuma koji se razlikuje od glavnog "radnog" direktorijuma. Da biste pregledali trenutni sadržaj biblioteke, pregledajte Radni direktorijum direktno ili putem html table. Najviši nivoi poddirektorijuma imaju imena kao što su "022-Ti" ukazujući na atomski broj i hemijski simbol traženog atoma. Poddirektorijumi nižeg nivoa prate strukturu imenovanja sažetu u fajlu Radni/ Pročitati.

Za generisanje potencijala, pogledajte uputstva u AA-QUICK-START. Osnovna ideja je da se ide na poddirektorijumime za sve atome za koje ste zainteresovani i pokrenite preporučeni redosled "napravi" komandi ("make; make install; make clean"). Ovo će učitati fajl pseudopotencijala i readme fajl (pročitati) u direktorijum / Pot, koji će postati aktivana biblioteka potencijala.

Doprinos bibliotekama


Korisnicima se preporučuje da dostave svoje ulazne fajlove da bi proširili našu biblioteku raspoloživih potencijala. Pogledati i AA-SUBMISSIONS za više informacija o tome kako da to uradite. Imajte na umu da se broj verzije (trenutno 7.3.6) neće promeniti samo zbog dopune biblioteke ulaznih fajlova. Proverite poslednji modifikovani datum u Radnom direktorijumu da biste videli da li imate najnoviju verziju biblioteke .

Posebno se zahvaljujemo Centru za atomsku razmeru materijala u fizici (CAMP) na Tehničkom Univerzitetu u Danskoj, a posebno Lars Bruno Hansenu, za divan odabir pseudopotentcijala koji odgovaraju većini u DACAPO biblioteci koja se distribuira kao deo DACAPO paketa CAMP otvorenog softvera (CAMPOS) projekta.DACAPO biblioteka se sastoji od binarnih fajlova podataka pseudopotencijala generisanih da koriste stariju verziju (a7.0.0) generacijskog koda. Oni su sada prepakovani da budu u potpunosti u skladu sa trenutnom šemom i provereni za kompatibilnost sa nedavnom verzijom (uspp-736) koda pre nego što se instaliraju ovde. Ovi pseduopotencijali su prilično dobro testirani, kratki izveštaji testova mogu se naći ovde u README fajlovima, a više detalja i grafičkih informacija se može naći na CAMPOS sajtu. (Trenutno, od decembra 2002, potencijali su uglavnom generisani sa PW91 GGA razmenom korelacije, ali, nadamo se da LDA verzija uskoro predstoji.)

Preuzimanja


Svaki od linkova ispod ukazuje na tarred-and-gzipped arhivu distribucije, navedenu u obrnutom hronološkom redosledu. Prvi deo imena (na primer, "uspp-736") odnosi se na oslobađanje od FORTRAN izvora u Bin / direktorijumu. Poslednja cifra (npr. "-0") odnosi se na redosled nadogradnje stvari kao što su biblioteka pseudopotencijala, dokumentacija, ili pravljenje fajlova. Na većini Unix sistema, možete otpakovati arhivu na sledeći način
   gunzip uspp-736-0.tgz
   tar xf uspp-736-0.tar
   rm uspp-736-0.tar

Početak


Ako samo želite da generišete jedan ili više pseudopotencijala koji su već uključeni u biblioteku, trebalo bi da pronađete većinu potrebnih informacija u AA-QUICK-START koji objašnjava kako da sastavite i pokrenite program za generisanje pseudopotencijala iz parametara datoteka biblioteke.

Ako ste više ambiciozni i želite da menjate postojeći pseudopotencijal ili stvorite potpuno novi, pogledajte Doc/TUTORIAL.

Imajte na umu da se, po difoltu pseudopotencijal generiše kao neformatiran podatak binarnog fajla kao što je opisano u Doc/FORMAT. Ukoliko je potrebno, može se konvertovati u formatiran oblik pomoću korisnog programa reform.f u Utils direktorijumu.

Dokumentacija


Sledeći fajlovi mogu biti od pomoći u orijentisanju: Literarne reference za ultra’soft pseudopotencijal su pre svega sledeće:

Korisnička zajednica


Svestan sam sledećih kodova otvorenih izvora, koji mogu da iskoriste ultra-soft pseudopotencijal koji je generisan u ovom paketu. Konverzijske rutine su sada razvijene za Pored toga, sledeći vlasnički paketi su takođe kompatibilni Drugi poznati vlasnički kod koji koristi potencijale ultra-soft je VASP paket.. Međutim, VASP koristi ultra-soft potencijal generisan korišćenjem nešto drugačije šeme od one sprovedene ovde. Tako pseudopotencijali uzeti iz biblioteke distribuirane kao deo VASP-a ne mogu da se uvezu u navedenim paketima koda i obrnuto.

Arhiva prethodnih verzija


Arhiva prethodnih verzija uspp paketa je dostupna ovde. Ovo možda može biti korisno u rešavanju problema sa kompatibilnošću u vezi sa potencijalima generisanim sa ranijim verzijama koda.

Podaci o rezultatima


Molimo Vas da šaljete komentare ili predloge za unapređenje dhv@physics.rutgers.edu.

Potvrde i odricanja


Ova veb stranica je delimično zasnovana na radu koji je podržan od strane američke Nacionalne fondacije za nauku u okviru donacija br 9981193 i 0233925. Sva mišljenja, nalazi i zaključci ili preporuke izraženi u ovom materijalu su stavovi autora i ne odražavaju stavove Nacionalne fondacije za nauku.



Published (Last edited): 13-09-2012 , source: http://www.physics.rutgers.edu/~dhv/uspp/