Филогения вываду Пакет
PHYLIP (ogeny Філ Я Р ackage nference) уяўляе сабой пакет праграм для вывядзення филогении (эвалюцыйныя дрэвы). Яна даступная бясплатна праз Інтэрнэт, і напісана для працы, як на многіх розных кампутарных сістэмах, як гэта магчыма. Зыходны код распаўсюджваецца (у C), і выкананыя файлы, таксама распаўсюджаны. У прыватнасці, ужо скампіляваныя выкананыя файлы даступныя для Windows (95/98/NT/2000/me/xp/Vista), Mac OS X, і Linux сістэм. Пажылыя выкананых таксама даступныя для Mac OS 8 ці 9 сістэм. Поўная дакументацыя даступная на файлы дакументацыі, якія прыходзяць з пакетам.
Метады, якія даступныя ў пакеце ўключаюць беражлівасць, матрыца адлегласцяў, і верагоднасць метадаў, уключаючы загрузку і кансенсусу дрэў. Тыпы дадзеных, якія могуць быць апрацаваныя ўключаюць малекулярных паслядоўнасцяў гена частот, абмежаванне сайтаў і фрагментаў, адлегласць матрыц і дыскрэтныя сімвалы.
Праграмы кіруюцца праз меню, якое просіць карыстальнікаў, якія варыянты яны хочуць усталяваць, і дазваляе ім пачаць вылічэнні. Дадзеныя счытваюцца ў праграму з тэкставых файлаў, якія карыстальнік можа падрыхтаваць з дапамогай любога тэкставага рэдактара або тэкставага рэдактара (але важна, што гэта тэкставы файл не ў спецыяльны фармат, што тэкставы працэсар - Замест гэтага яна павінна быць у "плоскі ASCII" або "толькі тэкст" фармат). Некаторыя паслядоўнасці аналізу такіх праграм, як праграма выраўноўвання ClustalW зможаце запісаць файлы дадзеных у фармаце PHYLIP. Большасць праграм, шукаць дадзеныя ў файл з імем "INFILE" - калі яны не знайсці гэты файл, то яны просяць карыстальніка ўвесці імя файла дадзеных файла.
Вынікі выводзяцца на адмысловыя файлы з назвамі накшталт "OUTFILE" і "выходзяць дрэвам". Дрэвы запісаныя на "выходзіць дрэва" знаходзяцца ў Невик фармаце, неафіцыйны стандарт ўзгодненых ў 1986 годзе аўтары шэрагу буйных филогении пакетаў.
На дадзеным этапе ў нас няма мышшу Windows інтэрфейс для PHYLIP.
PHYLIP, верагодна, найбольш шырока размеркаваных филогении пакет. Гэта трэці найбольш часта згадваных филогении пакет, то пасля PAUP * і MrBayes, і наперадзе MEGA. PHYLIP таксама найстарэйшы шырока размеркаваных пакет. Ён быў па размеркаванні з кастрычніка 1980 года, і мае больш чым 28000 зарэгістраваных карыстальнікаў. Ён рэгулярна абнаўляецца.