Descărcaţi SAO 1.2
Uita-te in 1.2 SAO (pe Bioportal NCBO)

Descărcaţi SAO 1.1
Uita-te in 1.1 SAO

Descărcaţi SAO 1.0
Uita-te in SAO

Anunt de construcţii Suntem foarte intristati de moartea bruscă şi prematură a prietenului nostru şi coleg, William Bug ("Bill"). Bill a fost un contribuitor neobosit pentru comunitatea Ontologie Biomedical, în general, şi Ontologie Anatomie subcelulara în special. El va fi pierdut de către noi toţi. Comunitatea OBI a instituit un wiki unde oamenii pot partaja omagii la colegul nostru remarcabile.

NOU Pentru a vizualiza Wiki CCDB / SAO,! Click aici

NOU Pentru a citi un articol publicat care descrie SAO dintr-o perspectivă Neuroscience,! Click aici

Larson SD, Fong LL, Gupta A, C condit, Bug WJ, Martone ME (2007) "O ontologie formală a neuroanatomia subcelulara", Front. . Neuroinform 1:3. doi: 10.3389/neuro.11/003.2007

Pentru a vizualiza SAO 1.2.5 privind Bioportal NCBO, faceţi clic aici .

Pentru a citi un articol publicat care descrie SAO şi utilizarea acesteia, faceţi clic aici .

Fong LL, Larson SD, Gupta A, C condit, Bug WJ, Chen L, West R, S Lamont, Terada M, Martone ME (2007) "o ontologie-Driven mediu de cunoştinţe pentru neuroanatomia subcelulara", OWL: experienţe şi Direcţii, Innsbruck, Austria, CEUR Workshop Proceedings, ISSN 1613-0073, http://CEUR-WS.org/Vol-258/, şase au 7 iunie 2007

Pentru a citi un articol publicat SAO care utilizează pentru a efectua raţionament bazat pe reguli, faceţi clic aici .

Larson SD, Martone ME (2007) "Regula-a întemeiat raţionamentul cu o ontologie Neuroanatomical Multi-Scale", OWL: experienţe şi Direcţii, Innsbruck, Austria, CEUR Workshop Proceedings, ISSN 1613-0073, http://CEUR-WS.org / Vol-258 /, şase au 07 iunie 2007

Materiale suplimentare pentru hârtie de raţionament bazat pe reguli sunt disponibile aici .

Fundal

Am dezvoltat Ontologie Anatomia subcelulara (SAO) pentru sistemul nervos pentru a oferi o ontologie formală pentru a descrie structuri din gama dimensionala cunoscut sub numele de "mezoscara", cuprinzând structura celulara si subcelulara, domenii supracellular, şi macromolecule.

Dezvoltarea de ontologii pentru Neuroscience de date este un obiectiv cheie al neuroinformatic. O ontologie constă într-un set de concepte, sau entităţi, într-un domeniu legat de relatii, cum ar fi "este un" şi "are o parte," de exemplu, "neuron este o celulă" şi "celula are plasmă membrană parte." Ontologiile sunt extrem de valoroase prin faptul că oferă o formalizare a cunoştinţelor în cadrul unui domeniu într-o formă prelucrabilă electronic. Ontologii includ un domeniu de aplicare mult mai larg de informaţii decât taxonomiilor, care sunt reprezentări pur şi simplu ierarhică a conceptelor, ci lipsa descrieri formală a proprietăţilor lor, precum şi tipurile de relaţii care le au cu unul pe altul. Ontologiile au fost folosite în multe medii de afaceri şi ştiinţifice pentru a partaja, reutiliza, şi procesul de cunoaştere de domeniu. O ontologie bine construit acceptă utilizarea de maşini pe bază de raţionament pentru a obţine cunoştinţe noi, bazate pe relaţii codate între noduri de date individuale.

Ontologii forma una dintre pietrele de temelie ale datelor pe scară largă de partajare de proiecte, cum ar fi Bază de date Cell centrata si biomedicala Informatica Research Network (BIRN), care sunt construirea infrastructurii pentru strîns şi integrarea datelor biologice în întreaga scale dimensionale. Ontologii promoveze integrarea datelor, atât prin furnizarea de o terminologie comună pentru adnotarea datelor, precum şi mijloacele prin care relatiile dintre diverse date se poate deduce (Gupta et al, 2001 legătură într-PDF de suport de hârtie cu Gupta;. Ar trebui să fie pe site-ul BIRN).

Ca parte a proiectului bazei de date Cell Centrat, suntem în curs de dezvoltare informatica de infrastructură pentru gama dimensionala cunoscut sub numele de "mezoscalare". Aceasta gama cuprinde aproximativ structurile care stau între morfologie brut si structura moleculara, de exemplu, reţelele celulare, celulare şi microdomains subcelulara, împreună cu componentele lor macromoleculare. Aceste structuri se află în centrul de procesare a informaţiei în sistemul nervos, oferind cadrul de adaptare spaţială în care procesele care au dat naştere la comportamente complexe apară. Studiul structurilor mezoscara continuă să prezinte o provocare pentru experimentatori, deoarece dimensiunile lor se încadrează cinstit între capacităţile de tehnologii de imagistica actuale. Investigaţii de fiziologie, dinamica structurală, distribuţii grosier moleculară şi pe scară largă distribuţii de tepii dendritice sunt de obicei realizate de microscopies optice. Aprecierea detalii structurale amenzii cu privire la structura internă, organizarea cytoskeletal, Sediu a componentelor moleculare, amplasarea de contacte sinaptice, şi vederi detaliate ale microdomain imediate, cum ar fi pre-sinaptice boutons şi procese gliale necesită imagini 3D de electroni microscopice. Pentru a construi o înţelegere globală a sistemului nervos în această gamă dimensională necesită abilitatea de a datelor agregate obţinute de către cercetători în mai multe tehnici şi scări spaţiale.

Ontologie pentru Anatomia subcelulara ale sistemului nervos (SAO) descrie părţi ale neuronilor şi Glia şi modul în care aceste componente vin împreună pentru a defini structuri, cum ar fi supracellular sinapse şi neuropil (Fong et al., a prezentat). Specializări moleculară al fiecărui compartiment şi tip de celule sunt identificate. SAO a fost conceput cu scopul de a oferi un mijloc de a adnota date celular şi subcelular obţinute din microscopie optică şi electronică, inclusiv macromolecule atribuirea lor domenii approporiate subcelular. SAO oferă astfel o punte de legătură între ontologii care descriu speciilor moleculare şi a celor în cauză cu solzi anatomice mai mult brut. Deoarece este destinat să integreze în eforturile de ontologică la aceste alte scale, o atenţie deosebită a fost luată pentru a construi ontologia într-un mod care acceptă o astfel de integrare.

Structura SAO

Celulele sunt împărţite în părţi regionale, de exemplu, dendrite şi axon, şi părţi componente, de exemplu, mitochondrion, similar cu modul în care Modelul fundamental de Anatomie imparte structuri anatomice. Fiecare dintre părţi a unei celule pot fi împărţite în părţi regionale şi piese componente, de exemplu, un axon pot fi împărţite într-un segment iniţială şi axon principale. Fiecare parte a celulei este conectată la o parte mamă sale prin relaţii "continuă cu". Astfel, un dendrite este continuă cu somata de celule; coloanei vertebrale dendritice este continuă cu arborele dendritice.

Deoarece SAO este construit pe un model al celulei, atât elementele constitutive moleculară şi localizarea anatomică sunt atribuite la capitolele de celule, mai degrabă decât să celula in sine. SAO utilizeaza "situate în" relaţie de a situa piese celulare în regiunile superioare ale creierului comandă. SAO a fost construit folosind OWL (Web Language Ontologie), o primă descriere logică pentru care acceptă raţionament. Am construit SAO într-un mod care permite inferencing care urmează să fie efectuate in scale, astfel încât moleculele de conectivitate şi de ordin superior pot fi deduse din interacţiunile locale (Larson şi Martone, inscrise legătură într-ß în PDF-uri de hârtie motivare bazate pe reguli). În mod ideal, observaţia că F-actina este situat în capul unei coloanei vertebrale dendritice de la o celula Purkinje Dendrita găsite în stratul moleculară a cortexului cerebeloase ar trebui să permită pentru următoarele afirmaţii care urmează să fie dedus.

SAO direct se bazează pe mai multe ontologii fundamentale recomandată de către Foundry OBO Proiectul, conceput pentru a promova adoptarea celor mai bune practici în construcţii ontologie pentru a promova interoperabilitatea ontologii cu comunitatea mai largă biomedicale. La nivelul cel mai abstract, structura de clasă SAO urmează Ontologie de bază oficială.

Clasa descrieri

Cell: SAO conţine o listă de tipuri de celule găsite în sistemul nervos. Clase de top la nivel celular, cum ar fi neuron şi Glia au fost prelevate din Ontologie tip de celula SAO nu conţine o listă cuprinzătoare de tipuri de neuron, pentru că aceste entităţi se încadrează în domeniul de aplicare al altor ontologii. Mai degrabă, pentru că SAO este conceput ca o ontologie cerere de adnotare a datelor biologice, tipurile de celule-mamă sunt de aşteptat să fie adăugate SAO în care acestea sunt întâlnite. SAO listele de neuroni în conformitate cu denumirile comune care reflectă un amestec de criterii de clasificare, de exemplu, morfologie (`` piramidal neuron''), numele proprii (`` Purkinje neuron''). SAO utilizeaza aceste nume numai ca etichete şi nu se clasifică în continuare tipuri de celule în subarbori, cu excepţia cazului în cazurile în care ierarhia este destul de simplă, de exemplu, layer 3 neuron cortical piramidal este un neuron cortical piramidal. Am ţinut în mod deliberat clasificarea celulă plat, deoarece SAO pot fi folosite pentru a clasifica neuroni de-a lungul mai multe dimensiuni, prin proprietăţile lor specifice, de exemplu, neurotransmitatorul primar, numărul de procese, localizarea anatomică a pieselor de celule.

Partea de Cell: SAO cuprinde două clase principale de piese de celulă: o parte regionale şi parte componentă. Parte Regional de celular este elaborat în conformitate cu conceptul BFO partea Object Fiat definită ca o "parte a unui obiect care nu delimitată de nici un discontinuităţi fizice." Părţi Regional de neuroni includ dendrite, axoni, Soma celulă şi protuberanţele, cum ar fi tepii dendritice. Părţi regional al Glia includ Soma celule şi procese, cum ar fi endfeet astrocitice şi procesele myelinating. Fiecare dintre aceste părţi regionale pot fi divizate în parcellations fine. Părţi componente sunt considerate a fi obiecte independente BFO şi reprezintă blocurile comune la toate celulele, de exemplu, organite. Componentele sunt în mare măsură adaptate la Gene Ontologie ierarhia componentelor celulare şi cruce referire la ID-ul GO acolo unde este posibil, cu componente de neuron-specifice suplimentare adăugate în cazul în care este necesar. Macromolecule pot fi considerate a fi părţi componente, dar sunt enumerate în conformitate cu o clasă separată în SAO. La fel ca şi în tipuri de celule, SAO nu conţine o listă exhaustivă din macromolecule, deoarece aceste entitati sunt acoperite în alte resurse. Ca şi în cazul tipuri de celule, ne propunem să păstreze SAO cerere-condus, şi ca atare, moleculele sunt întâlnite în date biologice, acestea pot fi adăugate la SAO.

Structuri Supracellular: SAO include, de asemenea, o clasă numit "structura supracellular ¡. Oarecum paradoxal, în timp ce în lumina de utilizare a "subcelulara ¡în numele a ontologiei, această clasă se referă la domenii multicelulare definite de către părţi subcelulara de neuroni si Glia, cum ar fi neuropil, sinapse, şi Nodul de Ranvier. Desemnarea supracellular se referă la faptul că părţile subcelulara sunt derivate din cel puţin două celule diferite. Pentru a clasifica în funcţie de domenii supracellular BFO, am folosit atât obiect agregat şi site-ul clase. Noi considerăm unele domenii supracellular ca obiecte agregat, deoarece acestea reprezintă o grupare oarecum ad-hoc de piese de celulă într-o structuri de ordin superior. care credem că se potriveşte cel mai bine BFO: ObjectAggregate defintion: ". mereological o sumă de obiecte separate, care posedă non-conectate limite". De exemplu, neuropil este un termen aplicat regiuni ale sistemului nervos caracterizată printr-o încurcătură densa de procese de celule interconectate, care au fiecare dintre distincte non-conectate limite. Alte structuri supracellular sunt mai bine caracterizate ca fiind site-uri, deoarece acestea sunt considerate a fi locatii, la care se produce o anumită funcţie. De exemplu, synapse este site-ul la care are loc neurotransmisia. Locul de amplasare a acestei funcţii este dedus din cauza prezenţei uneia dintre molecule, mai mult sau componente de celule implicate în aceste procese. Pentru unele structuri agregate, vom crea un obiect agregat si apoi un site unde se află bunul, de exemplu, sinapsa chimică poate fi considerat o entitate abstractă agregat care constă dintr-o parte pre-sinaptice, o parte post-sinaptice şi o parte jonctionala . Fiecare dintre aceste piese au componente de celule, de exemplu, vezicule, sinaptice, situate în interiorul ei care definesc extensii din aceste părţi. Site-ul a sinapselor este acea parte a celulei sau celulă-celulă apoziţie în cazul în care părţi ale synapse sunt localizate. În acest fel, ne vom limita numai site-ul sinaptice la acea parte pe de o parte de celule ocupate de componente sinaptice care se potriveşte cu siguranţă BFO: definiţia Site-ul ca o entitate care are "o formă caracteristică spaţială în legătură cu un aranjament de alte (entităţi) şi .. (care) poate. fi ocupate de alte (persoane) ".

SAO Proprietăţi: Proprietăţi în SAO sunt grupate în parte, relaţii morfologice şi spaţiale. Piese regionale sunt alocate pentru fiecare clasă de celulă folosind restricţii, de exemplu, neuronii pot avea numai piese neuronale regionale. Fiecare parte regionale se presupune că aparţin într-o celulă-mamă; relatiile geometrice dintre părţi celule sunt specificate de relaţii, cum ar fi continuă cu, de exemplu, dendritele se continuă cu somata de celule. Deşi unele proprietăţi sunt atribuite la nivel de clasă de celule, de exemplu tipul, morfologice cele mai multe, sunt atribuite la nivel de celulă parte regionale. În acest fel, componentele celulare şi macromolecule sunt atribuite anumita parte a celulei nervoase în care sunt găsite. În mod similar, deoarece celulele nervoase sunt mari si ar putea span multe regiuni ale creierului, proprietatea are locatia anatomice, concepute pentru a situa celulă într-o parte regional al sistemului nervos, este alocat separat pentru fiecare parte a celulei. Părţi ale creierului regionale vor fi alese din alte resurse, de exemplu, BAMS