Marine Picocyanobacteria Geenivaramu Rahvusvaheline algatus

Arvestades suurt ökoloogilist tähtsust merekeskkonna picocyanobacteria (Partensky et al.1999a, 1999b ), nagu ka nende suhteliselt väike genoom suurused, enneolematu rahvusvahelisi jõupingutusi on algatatud kaasates 3 suurt genoomi keskused ( ühine Genoomi Instituut, J. Craig Venter Instituudi ja Genoscope ), mis on viinud järjestuse 11.Synechococcus ja 12 Prochlorococcus tüved.

Euroopa panus selles vaeva on sätestatud Genoscope kes esimesena rivistatakseProchlorococcus marinus SS120, avaldatud 2003 ( Dufresne et al., 2003 ), siis rivistatakse two Synechococcus tüvede WH7803 ja RCC307. Konsortsium Euroopa meeskonnad eesotsas dr F. Partensky ja prof David J. Scanlan on täielikult selgitustega nende genoomide ja osales kannete 5 muud Synechococcus genoome, järjestasid J. Craig Venter Instituutraames "mikroobide genoomi sekveneerimise projekti", mida toetab Gordon ja Betty Moore Sihtasutus. Kõik viis Synechococcus tüved olid rivistatakse järelevalve all Brian Palenik(Palenik et al. 2003, 2006 ). See komplekt tüvede sisaldab isolaatide Vahemeri, Punane meri, Vaikne ookean ja Atlandi ookean (tabel 1). See hõlmab 9 10 klaadide määratletud Fuller et al.(2003) mere-sub-cluster 5.1 ja ka üks alam-cluster 5,2 esindaja euryhaline, phycocyanin-rikas tüvi WH5701. Kõnealuseid tüvesid esindama 1-4 kõigi seitsme pigment liiki või alatüübid on määratletud selle grupi by Six et al. (2007). Genoomi võrdlemine paber on välja alates 2008, mis kirjeldab sarnasust samuti mõned olulised erinevused nende genoomide ( Dufresne et al. 2008 ).

Veebiliidest, "Cyanorak", on välja töötanud dr A. Dufresne et otsida ja märke klastrite orthologous valkude ühised Nende 11 Synechococcus genoomide samuti esimest sind avaldatudProchlorococcus genoome, P. marinus SS120 (Dufresne et al., 2003) ja MED4 jaProchlorococcus sp. MIT9313 (Rocap et al., 2003). Read-only versioon on kättesaadav avalikusiin.

For Prochlorococcus, samaväärne algatus on juhitud Sallie W. Chisholm (vt Kettler et al. 2007 jaChisholm Lab veebilehelt ).