Source: http://www.chemaxon.com/jchem/doc/user/query_stereochemistry.html

• Despre caracteristica JChem lui stereochimie
• Opţiuni de căutare stereo
• Stereoizomeri de acord tetraedrice
• E / Z stereochimia de legături duble
  • Duble stereo potrivite de obligaţiuni din apropierea oraşului inele aromatice
  • Sistem cumulate cu numere impare de legături duble
• Axial izomerie
• Syn-anti, endo-exo izomerie de molecule biciclice
• Modele stereo
  • Local stereo model de
  • Global stereo model de
  • Zboruri stereo model de
  • Auto stereo model de
• Configuraţie relativă a centrelor de tetraedrice stereo
  • MDL consolidată stereo Reprezentanţa
  • Lei vechi reprezentare stereo (pavilion chiral)
• Listă prioritară de verificare stereoinformation

Stereochimie

Sistemele biologice sunt foarte stereoselectivă, astfel, o structură chimică motor de căutare trebuie să fie orientată cu instrumente de interogare stereospecific. JChem mânere tetraedrice, dublu de obligaţiuni E / Z stereochimia, izomeri de cumulenes, atropisomers, şi syn-anti/endo-exo izomeri de compuşi punte biciclice. În plus, configuraţia relativă stereo tetraedrice şi diferite modele stereo pot fi utilizate. Există, de asemenea, diverse opţiuni de căutare care modifica comportamentul de căutare legate de stereochimie.

Au opţiuni de căutare stereo sunt disponibile:

Stereospecific

În cazul în care interogarea nu conţine informaţii stereo, hit-uri va include rezultatele atât cu şi fără informaţii stereo. În caz contrar, informaţiile stereo este luată în considerare în timpul de căutare (implicit), următoarele opţiuni de căutare stereo poate modifica setarea implicită..

Exact stereo

Toate informaţiile stereo este testat pentru egalitatea de şanse, în sensul că o interogare non-stereo meciuri doar non-stereo grupurile ţintă şi cele consolidate stereo nu poate meci de pe atomi stereo absolută.

Cauta dupa Diastereomer

Stereoizomeri regăseşte în cazul în care informaţiile stereo tetraedrice este prezent pe centrele de aceeaşi stereo, dar configuraţia lor (paritate) este arbitrară.

Cauta dupa enantiomer

Regăseşte date de configurare stereo de interogare şi enantiomerul său, de asemenea. Această opţiune funcţionează în acelaşi mod ca în cazul în care toţi atomii, fără informaţiile stereo îmbunătăţită a aparţinut unui grup în continuare şi (a se vedea prioritate ).

Ignorate stereo

Toate informaţiile stereo este ignorată.

Salt la început

Tetraedrice stereochimie

Informaţii stereochimie tetraedrice este derivat din caracteristicile moleculare diferite, în funcţie de dimensionalitatea:

• 3D: Când molecula conţine coordonatele 3D, cele numai defini stereochimie tetraedrice.
• 2D: Pentru 2D structura diagrame, coordonează şi pană, trapa sau wiggly tipuri de obligaţiuni define stereochimie. Aceste tipuri de obligaţiuni definesc poziţia relativă a liganzilor la atomul stereo centru, care ar trebui să fie la capătul îngust în mod implicit:

  	up ( obligaţiuni wedge ) ligandului la capatul wide este mai presus de atom de la capătul îngust
  	jos ( hatch obligaţiuni ) atom la capatul wide de mai jos este atomul de la capătul îngust
  	sus sau în jos ( wiggly obligaţiuni ) precizează informaţii chiralitate tetraedrice, dar de configurare stereo real este irelevant ; sau
  	configuraţie cis / trans de legătură dublă este lipsită de relevanţă (a se vedea mai jos)

  Non-stereo (neteda) obligaţiuni sunt presupuse a fi în planul de hârtie. În cazul în care centrul stereo are o bază de hidrogen, de asemenea, implicit, se presupune că punctul jos.
• 0D : Pentru structurile fără atom coordonate (cum ar fi cele care provin de la zambete / Smarts), notatia tetraedrice stereochemical este reprezentat în moduri diferite. (De exemplu, SMILES utilizează şi @ @ @ simboluri paritate în descrierea atom, şi LGC şi MRV formate folosi un atom de pavilion, în cazul 0D -. tag-ul <atomParity>)

Tabelul 1. prezintă câteva exemple de potrivire stereo tetraedrice, presupunând stereochimia absolută (a se vedea secţiunea următoare pentru mai multe detalii).

Tabelul 1. potrivite stereo tetraedrice

		ţintă
interogare

Salt la început

Exact stereo căutare

Opţiunea stereo exact ce înseamnă că toate informaţiile stereo trebuie să fie aceleaşi în interogare şi ţintă ("toate informatiile stereo este exact la fel"). Aceasta are în principal un efect atunci când interogarea nu are nici o informaţie stereo: se potriveşte numai non-stereo ţintă. În mod similar, o interogare cu un centru de wiggly tetraedrice se va potrivi doar centrul wiggly tetraedrice, şi configuraţiile specifice nu R şi S.

Tabelul 2. potrivite stereo corect

		ţintă
interogare

Salt la început

E / Z stereochimia de legături duble

Perechi ligand a unei obligaţiuni dublu stereo defini o configuraţie stereo. (Cunoscut ca cis / trans sau E / Z de configurare.) În molecule 2D si 3D această configuraţie este derivat din coordonatele atomice, precum şi pentru moleculele fără coordonate (0D, cum ar fi zambeste) obligaţiunile stereo duble se disting în alte moduri. (De exemplu, zâmbeşte utilizează obligaţiuni de direcţie: / şi \ pentru ligand, şi LGC si MRV. formate utilizează un indicator de obligaţiuni, în cazul 0D - tag-ul <bondStereo>)

Există o opţiune de căutare care controlează comportamentul în ceea ce priveşte dubla de obligaţiuni cis / trans izomerie: setDoubleBondStereoMatchingMode (). Se pot seta trei stări diferite de căutare:

• DBS_NONE: Nu legătură dublă cis / trans este luată în considerare.
• DBS_MARKED: (Implicit) duble de obligaţiuni stereo cis / trans este verificat pentru legături duble desemnate de pavilion căutare stereo numai. Cu toate acestea, pentru interogări provenind din familie Daylight formate, toate legăturile duble sunt considerate, care au specificat de configurare stereo. A se vedea secţiunea de mai jos cu privire la diferenţele de potrivire între diferite formate.
• DBS_ALL: Toate legături duble sunt verificate pentru a se potrivi stereo cis / trans.

În caz de DBS_MARKED, o cutie mică ar trebui să fie introduse pe legătură dublă interogare pentru a indica pavilion căutare stereo. Acest lucru înseamnă că aceste legături duble vor fi considerate ca stereo timpul de căutare. În acest caz, legătura corespunzătoare dublă în structura moleculei ţintă trebuie să aibă aceeaşi configuraţie stereo ca trasate în interogare (Tabelul 3.).

	cis (doi atomi se află pe aceeaşi parte a obligaţiunilor duble)
	trans (doi atomi se află pe laturile opuse ale obligaţiunilor duble)
	cis sau trans (obligaţiuni stereo fie cu cis sau trans de configurare)
	cis sau trans (obligaţiuni stereo fie cu cis sau trans de configurare)
	nu trans
	nu cis

Tabelul 3. obligaţiuni stereo duble

Exemple (DBS_MARKED):

		ţintă
interogare

Salt la început

Tipuri speciale de E / Z stereoisomerism

Duble stereo potrivite de obligaţiuni din apropierea oraşului inele aromatice

În unele structuri, în cazul de aromatizare generale, inele aromatice pot avea legături duble (a se vedea documentaţia aromatizare ). În astfel de cazuri legătură dublă, cis - trans informaţii stereo este considerată în timpul căutare.

Exemplu:

		ţintă
interogare

Salt la început

Sistem cumulate cu numere impare de legături duble

Cumulenes cu substituenţi corespunzătoare şi numerele impare de legături duble arată, de asemenea, cis sau trans izomerie. Stereoizomeri Explorarea a cumulenes următoarele aspecte trebuie luate în considerare.

• Allene căutare stereo opţiune este dezactivată în mod implicit.
• Informaţiile stereochemical de cumulenes nu pot fi exportate în 0D că este, funcţionează numai în memorie pentru structurile direct trase.
• Modelul stereo Global este utilizat exclusiv în timpul Allene stereo căutare sarcini, chiar dacă un alt model a fost selectat pentru căutare.
• Lucrari de infrastructura, metode de duplicat şi plin de căutare.
• Exact căutare stereo Allene este disponibil numai în caz de fragment plin, plin, sau căutare duplicat.
• Această opţiune nu este disponibilă pentru structuri markush şi pentru baza de date.

Exemplu:

		Ţintă
Solicitare

Salt la început

Axial izomerie

Chiralitate Axial este un caz special de stereochimie şi de obicei, observate în compuşi biaryl şi cumulenes cu substituenţi diferite şi chiar numere de legături duble. Următoarele probleme ar trebui să fie creditate în cursul cauta stereoizomeri axial.

• Axial căutare stereo opţiune este dezactivată în mod implicit.
• Lucrari de infrastructura, metode de duplicat şi plin de căutare.
• Axial stereochemical informaţii nu pot fi exportate în 0D că este, ea funcţionează doar în memorie pentru structurile direct trase.
• Modelul stereo Global este utilizat exclusiv în timpul Axial căutare stereo sarcini, chiar dacă un alt model a fost selectat pentru căutare.
• Căutare exactă stereo Axial este disponibil numai în fragment plin, plin, sau caz căutare duplicat.
• Această opţiune nu este disponibilă pentru structurile şi markush pentru căutare de baze de date.

Chiralitate axial de compuşi biaryl:

		Ţintă
Solicitare

Chiralitate axial de cumulenes cu substituenţi diferite şi chiar numere de legături duble:

		Ţintă
Solicitare

Salt la început

Syn-anti, endo-exo izomerie de molecule biciclice

Molecule biciclice constau din două inele fuzionate. În cazul compuşilor biciclice punte inele conectaţi într-o secvenţă de atomi. Substituenţi de orice sisteme de inel biciclice sunt specificate ca SYN, anti sau endo, exo cu privire la poziţiile lor şi orientarea faţă de poduri ale moleculei. Dacă un grup se anexează la cel mai înalt pod numerotate şi este orientat spre cel mai mic pod numerotate este dat descrierea syn, în cazul în care grupul este orientată departe de cel mai mic pod numerotate este dat descrierea anti Dacă un grup este orientat spre. cea mai mare numerotate de la pod este dat descrierea exo, în cazul în care este orientată departe de cel mai înalt pod numerotate este dat descrierea endo.
căutare stereo diferentiaza SYN - anti- şi endo - exo izomeri a unei molecule biciclice. Următoarele discipline ar trebui să fie luate în considerare atunci când explorarea stereoizomeri de compuşi biciclice punte.

• Syn - Anti căutare stereo opţiune este dezactivată în mod implicit.
• Stereochemical informaţii pot fi exportate în 2D şi în CXSMILES.
• Această opţiune poate fi utilizată în caz de structura completă, infrastructura, similitudine, şi două exemplare tipuri de căutare.
• Local sau global modelul stereo poate fi ales ca strategie de căutare. Model comprehensiv fabrică în mod egal la model stereo locale în Syn- Anti căutare stereo opţiune.
• Exact Syn-Anti căutare stereo este disponibil numai în caz de fragment plin, plin, sau căutare duplicat.

		Ţintă
Solicitare

Salt la început

Modele stereo

Modelele stereo descrie strategiile de căutare, în cazuri de molecule cu stereochimia definite. Cu toate acestea, nici o stereochimie de încredere poate fi evaluată în molecule simetrice, aceste modele permit să indice informaţii stereochemical asupra moleculelor simetrice pentru rezultatele de căutare mai precise.

Local stereo model de

Acest model de căutare consideră că informaţiile stereo locale numai (paritate locale, locale dublu stereo de configurare de obligatiuni, etc). Cu alte cuvinte, se acceptă toate informaţiile stereochimia dat, şi nu verifică echivalenţe ligand, etc Această metodă meciuri numai atomi ţintă / obligaţiuni cu stereochimia specificat atunci când o obligaţiune simetric atom / în interogare este specificat.

Solicitare	Ţintă	Lovit

Salt la început

Global stereo model de

Acest model de căutare consideră că informaţiile stereo la nivel mondial (paritate la nivel mondial, la nivel mondial dublu stereo de configurare de obligatiuni, etc). Acest lucru înseamnă că centrele de marcat stereo cu liganzi simetrice (atât cu privire la interogarea şi părţile ţintă) nu sunt creditate să aibă informaţii stereo, la toate. Acest mod este potrivit pentru căutări fragment duplicat, deplină şi completă, ca şi în aceste cazuri, mediu plin stereospecific este întotdeauna disponibilă atât pentru interogare şi structurilor ţintă. (Prin urmare, o simetric atom / obligaţiuni cu o configuraţie stereo poate se potrivesc cu o nespecificat stereo atom / obligaţiune. De exemplu, C [C @] (C) (C) C meciuri CC (C) (C) C.)

Solicitare	Ţintă	Lovit

Salt la început

Zboruri stereo model de

Acesta combină avantajele modelelor stereo locale si globale. Această setare este potrivit pentru toate tipurile de căutare. În general, aceasta se aplică modelul stereo locale, dar în caz de liganzi simetrice, modelul stereo global este luată în considerare. Obiective simetrică meci, indiferent de prezenţa informaţiilor stereo. De exemplu, infrastructura interogarea C [C @] (C) (C) C ambele meciuri CC (C) (C) C, C [C @ @] (C) (C), C şi CVC [C @ @] (C ) (CC) C (C) C.

Solicitare	Ţintă	Lovit

Salt la început

Auto stereo model de

În cazul în care nici un model stereo este specificat apoi modelul stereo aplicate se bazează pe tipul de căutare / opţiuni şi, în caz de căutări bazei de date privind tipul de masă. Tabelul de mai jos prezinta modelul stereo pe baza acestor parametri.

		markush căutare
		Nu	Da
căutare de tip	toate tipurile de căutare, cu excepţia duplicat	cuprinzător	local
	duplicat căutare	la nivel mondial pentru tabele interogare: locale	local

Notă: Duplicate căutare utilizează modelul locale, stereo, pentru a putea să se facă distincţia între structurile de interogare simetrice, cu sau fără informaţii stereo. Salt la început

Matching normele de interogări simetrice şi / sau obiective.

În caz de căutări stereo o interogare stereo se poate compara cu un obiectiv cu aceleaşi informaţii stereo, şi non-stereo interogari pot potrivi adresează atât stereo şi non-stereo (cu excepţia căutare stereo exacta). Cu toate acestea, în unele cazuri chiar o interogare stereo poate meci de non-stereo-ţintă, în funcţie de modelul aplicat stereo şi simetria. Tabelul de mai jos prezintă rezultatele lovit presupunând o interogare cu informaţii stereo, un obiectiv fara informatii stereo, şi presupunând că alte criterii permit un meci.

Solicitare		Ţintă		lovit
interogare de simetrie	exemplu	ţintă simetrie	exemplu	local	la nivel mondial	cuprinzător
N		N
N		Y
Y		N
Y		Y

Salt la început

Configuraţie relativă a centrelor de tetraedrice stereo

În cazul centrelor de stereogenic configuraţii absolută şi relativă stereo sunt ambele acceptate. Noi sprijinim atât reprezentări lei stereo (pavilion chiral şi reprezentare stereo îmbunătăţită) şi stereo reprezentare Daylight. Toate molecule provenite de la SMILES vară reprezintă configuraţia absolută stereo, astfel cum SMILES nu are suport pentru configurare relativă.

Pentru explicaţii detaliate privind teoria şi exemple pentru reprezentări stereo vă rugăm să consultaţi lei Reprezentanţa consolidată Stereochemical şi Teoria Manualul Daylight.

MDL a consolidată stereo Reprezentanţei

În reprezentarea lei stereo consolidată toţi atomii stereo centru sunt etichetate cu una dintre următoarele:

1. ABS
2. SAU n
3. I n

Ele definesc un grup de centre de stereogenic.

Centre de Stereogenic aparţinând ABS reprezenta stereochimia absolută, şi anume chiralitate. (Toate centrele neetichetat stereo sunt, de asemenea, crede ca fac parte din grupul ABS implicit centrele neetichetate stereo poate fi interpretat ca. Independent si de grup numai dacă (1) pavilionul chiral nu este setat şi (2), opţiunile de căutare absolut stereo ( Solicitare / TargetAbsoluteStereo, AbsoluteStereo ) sunt setate la false consultaţi următoarele secţiuni pentru explicaţii suplimentare..)

Centre de Stereogenic aparţinând unui SAU n grup (de exemplu, OR1) reprezintă unul stereoizomer care este fie trase ca structura (R, S) sau epimer în care centrele de stereogenic au opus de configurare (S, R).

Centre de Stereogenic aparţinând unui ŞI n grup (de exemplu, AND1) reprezintă un amestec de doi enantiomeri: structura ca trase şi epimer în care centrele de stereogenic au opus de configurare. (Reţineţi, că acesta este nu un amestec racemic, ci un amestec de enantiomeri de orice raport de Desigur,. dintr-un amestec 1:1 (amestec racemic) este inclusă în acest sens.)

Tabelul 4. Reprezentarea centre stereo

moleculă	interpretare
	O mostră pură de un stereoizomer:
	O mostră pură de una dintre aceste enantiomeri: sau
	O mostră pură de una dintre aceste enantiomeri: sau
	O probă că este un amestec de doi enantiomeri: şi
	O mostră pură de una dintre aceste diastereomeri: sau sau sau

Normele de congruenţă de reprezentare consolidată

• ABS meciuri doar ABS ( S la S şi R la R ).
• SAU ABS meciuri şi sau etichete.
• ŞI meciuri toate etichetele (ABS, SAU şi ŞI).
• SI si SAU grupuri se potrivesc atât S şi R, dar configuraţia relativă trebuie să se potrivească. (A se vedea Tabelul 6 de mai jos..)

Tabelul 5. normele de congruenţă a centrelor stereo

		ţintă
				(Nr info stereo)
interogare
	(Nr info stereo)

Tabelul 6. normele de congruenţă de obligaţiuni în jos interogare pană

		ţintă
				(Nr info stereo)
interogare

Pentru AND şi OR grupuri de configurare relativă a grupului trebuie să se potrivească: (de exemplu, toate trase sau meci ca se potrivesc toate sens opus.) Nu sunt restricţii în cazul în care centrele de chiral aparţin unor grupuri diferite (a se vedea rândul de jos în tabelul 7 de mai jos.).

Tabelul 7.

		ţintă
interogare

Salt la început

Lei vechi reprezentare stereo (pavilion chiral)

În MDL a convenţiilor originală reprezentare stereochimie, o structură cu un semnalizator chiral implică faptul că toate stereocenters marcate cu obligatiuni pană au o configuraţie absolut ( R sau S ), astfel, un izomer singur este prezent.
nr set de pavilion chiral înseamnă că numai relaţia este cunoscută între tetraedrice centre stereo. Stereocenter ar putea fi oricare dintre cele două stereomers (ca trase şi imaginea în oglindă) sau un amestec din cele două.

În JChem reprezentarea pavilionul chirali de lei nu este considerată în mod implicit şi toate moleculele sunt tratate ca chiral:

Tabelul 8.

		ţintă
interogare

Cu toate acestea, în cazul în care opţiunile absolut stereo ( Solicitare / TargetAbsoluteStereo, AbsoluteStereo ) sunt setate la false, steaguri chirale molfiles în lei moldoveneşti şi sdfiles sunt luate în considerare. În acest caz, moleculele lipsit de pavilion chiral sunt considerate ca în cazul în care centrele lor neetichetat stereogenic au fost într-o şi de grup, prin urmare, exprimă de configurare stereo relativă:

Tabelul 9.

		ţintă
		Chiral	Chiral	Chiral	Chiral
interogare	Chiral

Salt la început

Listă prioritară de verificare stereoinformation

O interogare informaţii privind filtrele stereocenters în următoarea ordine:

1. Consolidată stereo reprezentare
2. absoluteStereo parametrii ("Să presupunem pavilion stereo absolută" opţiune la crearea de masă)
   • activată (setare implicită): molecula se presupune că au etichete pe absolut toate stereocenters.
   • oprit: verifica pavilion chiral urmează.
3. Chiral de pavilion
   • prezent: toate centrele stereo sunt considerate ca fiind absolute.
   • absente: toate stereocenters neetichetate se presupune că aparţin uneia şi grup.

Salt la început