Хімічні компоненти словник
Словник хімічний компонент так само зовнішні посилання на файл опису всіх відрахувань і дрібні компоненти молекули знайдені в PDB записів. Цей словник містить докладні описи хімічних для стандартних і модифікованих амінокислот / нуклеотидів, невеликих лігандів молекули, а молекули розчинника. Кожен хімічний визначення включає в себе описи хімічних властивостей, таких як стереохимических завдань, хімічні дескриптори (посміхається & InChI), систематичні назви хімічних і ідеалізованої координати (генерується з використанням Коріна Молекулярна Networks, і якщо Є питання, OMEGA OpenEye це).
Словник організований 3-символьний буквено-цифровий код, PDB присвоює кожному хімічному компоненту. Нові визначення хімічних компонент з'явитися в словник як записи, в яких вони спостерігаються випускаються в PDB-архів, і, отже, словник оновлюється при кожному тижні PDB релізі. Словник регулярно переглядати та оновлювати. Будь-які застарілі компоненти залишаються в словнику відзначені статусом OBS.
Користувачі можуть шукати та переглядати словник хімічного компонента, використовуючи ресурси, такі як PDBeChem і лігандів Експо.
Весь словник компонентів хімічного і компаньйон словник амінокислоти варіанти протонування кислота може бути завантажена з сайту wwPDB FTP:
Хімічні компоненти Словник: mmCIF (звичайний текст) | mmCIF (GZ)
Протонування Варіанти Companion Словник: mmCIF (звичайний текст) | mmCIF (GZ)
Будь ласка, зверніть увагу, що ці файли є великими, і може зайняти деякий час, щоб завантажити.
Словник протонування варіантів надає додаткову інформацію номенклатури протонування держав стандартних амінокислот в N-термінал, C-терміналу, і вільні форми, і включає загальні стану бічного ланцюга протонування. Ідентифікатори, які використовуються в цьому розширенні словника більше кодів ідентифікатор, щоб відрізняти різні форми протонирование стандартних амінокислот. Наприклад, ідентифікатор коду ARG_LFOH_DHH12 використовується для ідентифікації аргініну варіант з нейтральним одиниці пептидів і бічного ланцюга протонувати на NH1. Розширені коди ідентифікаторів, не сумісні з 3-символьний формат обмеження для залишків ідентифікатор у форматі PDB, так що ці коди в даний час не з'являтися у файли PDB. У PDB записів, протонувати залишки визначаються по 3-символьний код з батьків амінокислот, проте номенклатура атом для протонувати форм будуть взяті з визначень варіант словника.
До розвитку Словник хімічний компонент, PDB хімічної інформації виключно у формі приєднання таблиць. Це старший уявлення, зване PDB словник HET, як і раніше доступні на сайті wwPDB FTP ( завантажити ). PDB HET формат словникових статей для окремих компонентів можна знайти на ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/.
Словник хімічний компонент раніше називався HET Група словників.Опис хімічних компонентів в mmCIF і PDB форматів наведені нижче.
PDBeChem 1 пропонує широкий спектр можливостей для пошуку і вивчення словника:
- Пошук зокрема 3-літерний код
- Пошук по частині назви
- Пошук за формулою діапазону
- Пошук субструктури
- Пошук фрагмента вираження
Користувачі можуть також шукати за посилання в макромолекул, молекул класифікації, і тип атомної енергетики.
Загальний інтерфейс дозволяє користувачам переглядати по посиланнях, які доступні у кожному записі для того, щоб орієнтуватися у відносинах словника. Наприклад, відносини посиланням можна простежити, щоб подивитися атомів лігандів, а потім для конкретного атома, його зв'язків і видів енергії і так далі.
Для отримання додаткової інформації див
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/msdchem/ligand/help.htm
Ліганд Expo, раніше Ліганд Depot 2, може бути використаний для навігації Словник хімічний компонент. Вона об'єднує бази даних, послуги, засоби і методи, пов'язані з малими молекулами, а також дозволяє користувачам:
- Пошук хімічних компонентів
- Огляд таблиць, які містять компоненти
- зміна амінокислоти і нуклеотиди
- популярних препаратів (торгівля та родові назви)
- загальні системи кільце
- Огляд інформації в хімічній словники і файли ресурсів (хімія, геометрія, атом номенклатури, і більше)
- Завантажити модель і ідеальний компонент хімічного координати
- Переглянути всі примірники компонента в випустили PDB записів
Ліганд Expo надає інформацію в області хімічного Словник компонентів і окремих хімічних компонентів в PDB-записи для скачування в різних форматах і упаковки в http://ligand-expo.rcsb.org/ld-download.html.
Хімічні компоненти у форматі mmCIF
Формат mmCIF об'єднує колекції пов'язаних елементів даних (лексем) в категорії. Категорія по суті таблиця, в якій кожен знак являє собою рядок у таблиці. Знак питання (?) Використовується, щоб відзначити пункт значення, що і зниклими без вісті. Точка (.) Можуть бути використані для ідентифікації, що не існує відповідне значення для елемента або, що значення було навмисно опущено.
Вектори і таблицях дані можуть бути закодовані в mmCIF використанням loop_ директиви. Щоб побудувати таблицю, елемент даних, імена, відповідні стовпчики таблиці починаються з директивою loop_, а потім відповідні рядки даних.
Детальний опис mmCIF синтаксис і логічна структура доступна.
У Словник хімічний компонент, кожна хімічна складова визначається наборами маркерів в п'яти категоріях:
| Категорія (натисніть на посилання для словникове визначення) | Резюме Категорія Зміст (з прикладами) |
| chem_comp | Таблиця 1 |
| chem_comp_atom | Таблиця 2 |
| chem_comp_bond | Таблиця 3 |
| pdbx_chem_comp_descriptor | Таблиця 4 |
| pdbx_chem_comp_identifier | Таблиця 5 |
У PDB в'їзду, mmCIF категорії chem_comp використовується для опису хімічних компонентів у файл. Хімічна назва описаний в chem_comp.name, хімічна формула в chem_comp.formula, а молекулярний вагу в chem_comp.formula_weight.
Наприклад, файл mmCIF для PDB 1t5d запис містить ліганд 4-хлор-бензойна кислота (ID код: 174):
Подальша інформація, що описує цей залишок (174), потім наводиться в словнику хімічного компоненту (див. приклад ).
Хімічні компоненти в PDB Формат
Розділ heterogen з PDB файлу координати описує лігандів в записі. Хімічна назва ліганд дається в записі HETNAM і хімічна формула наведена в FORMUL запису. Будь синоніми хімічна назви приведені в HETSYN записів.
Наприклад, PDB формат файлів PDB 1t5d запис містить ліганд 4-хлор-бензойна кислота (ID код: 174):
Подальша інформація, що описує цей залишок (174), потім наводиться в словнику хімічного компоненту (див. приклад ).
Будь ласка, зверніться до PDB Керівництво Формат файлу для подальшого опису.
Примітка: Діаграми не включені в Словник хімічний компонент.
2 Z. Feng, L. Chen, H. Maddula, O. Akcan, R. Oughtred, H.M. Berman, J. Westbrook 20(13):2153-2155. (2004) Ligand Depot : сховище даних для лігандів, пов'язаних з макромолекулами Біоінформатика 20 (13) :2153-2155..